ВВЕДЕНИЕ
Методы разбиения однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs) на блоки с последующим анализом гаплотипов — один из подходов, повышающих мощность полногеномных ассоциативных исследований (GWAS). Однако его применимость и степень охвата геномных локусов зависит от корреляции между SNPs, обусловливаемой их плотностью и локализацией. Мы исследовали разбиения SNPs на блоки в геномных данных, представленных ограниченным числом маркеров, с помощью ранее предложенного нами метода определителя с целью идентификации локусов, ассоциированных с ишемическим инсультом (ИИ).
МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
Генотипические данные больных ИИ (N=923) и контрольной группы (N=305), охарактеризованные по 67925 SNPs. Для группирования SNPs и оценки их связанности в блоке использовали определитель матрицы LD. Блоки с восстановленными в них гаплотипами проверили на ассоциацию с ИИ с помощью теста χ2 независимости. Функциональный анализ выявленных генов-кандидатов ИИ провели с помощью онлайн-сервиса DAVID.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Проведено разделение SNPs на блоки коррелирующих SNPs с помощью определителя матрицы LD. Установлено, что максимальное число блоков с максимальной вариабельностью их размеров наблюдалось при схожих значениях порога округления определителя до нуля (ε=0,001) в данных с низкой и высокой плотностью SNPs (883908 SNPs). Выявлено 8 блоков, ассоциированных с ИИ. В их составе определено 102 геномных локуса, три из которых — IGLC3, IGLC6, и IGLC7 — были сверхпредставлены в генных онтологиях иммуноглобулиновых комплексов.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Установлено, что определитель матрицы LD как мера связанности SNPs позволяет выделить блоки SNPs в геномных данных как с высокой, так и с низкой плотностью SNPs, что расширяет область применимости GWAS, основанных на использовании гаплотипических тестов.
