Сайт издательства «Медиа Сфера»
содержит материалы, предназначенные исключительно для работников здравоохранения. Закрывая это сообщение, Вы подтверждаете, что являетесь дипломированным медицинским работником или студентом медицинского образовательного учреждения.
Роль полиморфного варианта гена фактора некроза опухоли-α в развитии атопического дерматита в популяции Узбекистана
Журнал: Клиническая дерматология и венерология. 2015;14(4): 79‑84
Прочитано: 988 раз
Как цитировать:
Атопический дерматит (АтД) — одна из актуальных проблем современной медицины. Широкое распространение этого дерматоза среди различных возрастных групп населения, хроническое течение, увеличение рецидивирующих и осложненных форм заболевания ставят АтД в один ряд с другими глобальными медико-социальными проблемами [1—5].
Анализ литературы [2, 6—12] показывает, что причинами широкой распространенности аллергических заболеваний, в том числе и АтД, могут быть климатические особенности региона и этнические особенности генофонда населения, в частности по генам подверженности заболеванию. Результаты исследований зарубежных и отечественных ученых показали, что в развитии различных мультифакториальных заболеваний, таких как аллергические (ринит, бронхиальная астма, АтД), ассоциированы некоторые полиморфные варианты генов RANTES, TNF-α, GSTT1, GSTM1,CTLA4 [1, 4, 6, 8—10, 13—15].
В последние годы был проведен ряд исследований, посвященных изучению ассоциативной связи полиморфизма 308G/A гена фактора некроза опухоли-α TNF-α с развитием атопии в различных популяциях. Проведенные метаанализы показывают наличие межэтнических различий: в некоторых популяциях установлена связь по данному маркеру с развитием заболевания, хотя в других исследованиях ассоциации не установлено [11—16].
Таким образом, полученные на сегодняшний день результаты исследования ассоциации полиморфизма 308G/A гена TNF-α с атопией противоречивы и не позволяют точно определить степень его значимости в формировании АтД.
Цель работы — оценить патогенетическую значимость генотипических вариантов полиморфизма 308G>A гена TNF-α (rs1800629) в формировании АтД у больных, проживающих в Узбекистане.
Объектом и предметом исследования стали больные АтД, образцы ДНК больных и здоровых доноров, ген TNF-α (6р21.3), нуклеотидная замена G>A в позиции –308.
В исследование были включены 30 пациентов (19 женщин и 11 мужчин) с АтД в возрасте от 4 до 50 лет, наблюдавшихся на базе клиники Республиканского специализированного научно-практического медицинского центра дерматологии и венерологии Минздрава Республики Узбекистан. Диагноз у всех больных подтвержден результатами клинического обследования и лабораторными исследованиями.
Молекулярно-генетическое обследование биоматериалов (ДНК) выполняли на базе отдела молекулярной медицины и клеточных технологий НИИ гематологии и переливания крови Минздрава Республики Узбекистан.
При проведении генетических исследований в качестве контрольной группы использовали образцы ДНК (n=35) условно здоровых доноров (без каких-либо признаков атопических заболеваний) из банка ДНК данного отдела.
Образцы ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови в соответствии с модифицированной методикой. Концентрацию и чистоту выделенной ДНК оценивали при измерении оптической плотности ДНК-содержащих растворов при длине волны 260 и 280 нм против ТЕ на спектрофотометре NanoDrop 2000 (США). Генотипирование полиморфизма 308G>A гена TNF-α осуществляли путем стандартной полимеразной цепной реакции (ПЦР) на программируемых термоциклерах СG-1−96 Corbett Research (Австралия) и 2720 Applied Biosystems (США) с использованием тест-систем MedLab (Россия), согласно инструкции производителя. Олигонуклеотидные праймеры, необходимые для проведения ПЦР этих фрагментов, подобраны с использованием программы Oligo v.6.31 («Molecular Biology Insights Inc.», США). Структура олигонуклеотидных праймеров представлена ниже:
F: 5’-AATAGGTTTTGAGGGCCATG-3’
R: 5’-ATCTGGAGGAAGCGGTAGTG-3’
Статистическая обработка. Оценку отклонения распределений генотипов изученных полиморфизмов ДНК от канонического распределения Харди—Вайнберга (РХВ) проводили с помощью компьютерной программы анализа генетических данных GenePop (Genetics of Population). Частоту вариантов аллелей и генотипов (f) вычисляли по формуле: f = n/2N и f = n/N, где n — встречаемость варианта (аллель или генотип), N — объем выборки.
Оценку частоты аллелей рассчитывали по формуле: p=(2N|+N2)/2N, q=(2N3+N2)/2N, где р — частота аллеля A, q — частота аллеля а, N — общий объем выборки N=N|+N
Для расчета коэффициента отношения шансов (ОШ) с 95% доверительным интервалом (ДИ), χ2 и р-значения использовали пакет статистических программ OpenEpi 2009, Version 2.3.
Относительное отклонение ожидаемой гетерозиготности от наблюдаемой (D) рассчитывали по формуле: D=(h
Прогностическая эффективность (AUC-классификатор) изученных нами генетических маркеров определялась стандартной формулой: AUC = (Se + Sp)/2, где Se и Sp — чувствительность и специфичность генетического маркера соответственно. Если показатель AUC<0.5, то маркер — случайный классификатор; AUC=0,5—0,6 — плохой; AUC=0,6—0,7 — средний; AUC=0,7—0,8 — хороший; AUC>0,8 — отличный классификатор (D. Hosmer, S. Lemeshow и соавт., 2000 г.).
Результаты исследования показали, что в обеих группах наблюдалось преобладание частоты дикого (нормального) аллеля G с одновременным снижением частоты встречаемости функционально неполноценного аллеля А. Распространенность аллелей полиморфизма 308G>A гена TNF-a (rs1800629) в популяционной выборке составила: А — 4,3% (3/70), G – 95,7% (67/70); в группе больных: А — 31,7% (19/60), G — 68,3% (41/60). В распределении генотипов среди обследуемых группы больных наблюдалось увеличение доли гетерозиготного генотипа А/G за счет уменьшения содержания гомозиготного генотипа G/G (63,3% против 36,7%) (см. таблицу). Частота распределения G/G и А/G генотипов в контрольной группе составила 91,4 и 8,6% соответственно. Интересно отметить, что полиморфизм 308G>A гена TNF-α в А/А гомозиготном состоянии ни в группе больных, ни в группе контроля выявлен не был.
Анализ распределения частот генотипов полиморфизма rs1800629 и их соответствие популяционному равновесию РХВ проводили раздельно.
Изучение популяционно-генетической характеристики исследуемого генетического маркера показало, что в группе больных уровень наблюдаемой гетерозиготности (H
Как известно, помимо генетической гетерогенности обследованной выборки, возможной причиной отклонения от РХВ может стать методическая ошибка тестирования и детекции данного полиморфизма. По поводу возможной ошибки тестирования необходимо отметить, что во всех случаях с целью ее исключения мы повторяли амплификацию и детекцию ложноположительных результатов (см. рисунок).
В популяционной выборке, как и следовало ожидать, обнаружены статистически недостоверные отклонения частот генотипов от равновесия Харди—Вайнберга (χ2=0,7; р=0,8). Уровень ожидаемой и наблюдаемой гетерозиготности среди больных варьировал от H
Как среди образцов, полученных от больных, так и материалов контрольной выборки наблюдаемую гетерозиготность превышает ожидаемая гетерозиготность, о чем свидетельствует и отрицательное значение индекса фиксации Райта (–0,37 и –0,07 соответственно).
Показатели SE и SP данного генетического маркера среди исследованных групп соответствовали 0,63 и 0,91. Вычисленная прогностическая эффективность данного маркера составила AUC=0,77. Эти данные демонстрируют очень хороший уровень показателя по классификатору полиморфизма rs1800629, следовательно, предварительно можно сделать вывод, что генетическая мутация 308G>A является высокоэффективным классификатором для прогнозирования развития АтД и даже может выступать в качестве самостоятельного прогностического маркера.
Для оценки вклада генетического маркера 308G>A гена TNF-α в патогенез АД провели сравнительный анализ частот встречаемости аллелей и генотипов в группе больных АтД и группе здоровых лиц.
Анализ распределения аллелей полиморфного варианта 308G>A гена TNF-α показал, что частоты распределения аллелей в группе больных статистически значимо отличаются от таковых в контрольной группе (см. таблицу). Частота встречаемости мутантного, А и дикого G аллелей в основной и контрольной группах составила 31,7% против 68,3% и 4,3% против 95,7%. Согласно рассчитанному коэффициенту ОШ, носительство функционального неблагоприятного аллеля, А полиморфизма 308G>A гена TNF-α в 10,3 раза достоверно увеличивает риск развития АтД (χ2=17,23; р=0,00003; OШ=10,3; 95% ДИ 1. 2.883, 37.15).
Аналогичная закономерность выявлена и при генотипировании полиморфизма 308G>A гена TNF-α между группой больных и контрольной выборкой. Распределение частот генотипов в группе больных не приблизилось к показателям контрольной группы.
В выборке больных отмечено статистически достоверное увеличение частоты функционально неблагоприятного гетерозиготного генотипа 308*А/G, на долю которого приходилось 63,3% по сравнению с контрольной группой, где частота данного генотипа достигала лишь 8,6%. Согласно коэффициенту ОШ, риск развития АтД в основной группе при наличии данного генотипа достоверно увеличивается в 18,4 раза (χ2=21,64; р<0,05; OШ=18,4; 95% ДИ 4,557—74,49).
Гомозиготный генотип –308G/G достоверно чаще встречался в популяционной выборке (91,4%), тогда как в группе больных АтД частота его составила 36,7% (χ2=21,64, р<0,05). Эти данные доказывают, что данный генотип является генетическим фактором относительной устойчивости к развитию заболевания (OШ=0,054, 95% ДИ 0,01342—0,2194).
Полученные нами результаты анализа 308G>A полиморфизма гена TNF-α позволяют сделать первые выводы о генетических основах формирования АтД. При наличии гетерозиготного генотипа 308А/G (возможно и генотипа 308А/А) риск развития болезни возрастает, т. е. данный полиморфизм является генетическим маркером повышенного риска АтД, тогда как генотип G/G способен выполнять протективную функцию. Полученные данные могут быть использованы при прогнозировании развития АтД и разработке персонализированного подхода к лечению данного заболевания.
Подтверждение e-mail
На test@yandex.ru отправлено письмо со ссылкой для подтверждения e-mail. Перейдите по ссылке из письма, чтобы завершить регистрацию на сайте.
Подтверждение e-mail
Мы используем файлы cооkies для улучшения работы сайта. Оставаясь на нашем сайте, вы соглашаетесь с условиями использования файлов cооkies. Чтобы ознакомиться с нашими Положениями о конфиденциальности и об использовании файлов cookie, нажмите здесь.