Сайт издательства «Медиа Сфера»
содержит материалы, предназначенные исключительно для работников здравоохранения. Закрывая это сообщение, Вы подтверждаете, что являетесь дипломированным медицинским работником или студентом медицинского образовательного учреждения.

Голимбет В.Е.

ФГБНУ «Научный центр психического здоровья»

Костюк Г.П.

ГБУЗ «Психиатрическая клиническая больница №1 им. Н.А. Алексеева» Департамента здравоохранения Москвы

Проблема влияния генотипа на фенотип в современных исследованиях генетических причин шизофрении

Авторы:

Голимбет В.Е., Костюк Г.П.

Подробнее об авторах

Просмотров: 3432

Загрузок: 59


Как цитировать:

Голимбет В.Е., Костюк Г.П. Проблема влияния генотипа на фенотип в современных исследованиях генетических причин шизофрении. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. Спецвыпуски. 2022;122(1‑2):20‑25.
Golimbet VE, Kostyuk GP. Genotype — phenotype relationships in view of recent advances in the understanding of genetic causes of schizophrenia. S.S. Korsakov Journal of Neurology and Psychiatry. 2022;122(1‑2):20‑25. (In Russ.)
https://doi.org/10.17116/jnevro202212201220

Рекомендуем статьи по данной теме:
Дис­кус­си­он­ные воп­ро­сы ди­аг­нос­ти­ки и те­оре­ти­чес­кие мо­де­ли ши­зоф­ре­нии в дет­ском воз­рас­те. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):17-24
Пси­хо­ло­ги­чес­кие кон­цеп­ции — конструкт кли­ни­чес­ких мо­де­лей ши­зоф­ре­нии. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):25-31
Фар­ма­ко­те­ра­пия ши­зоф­ре­нии: кли­ни­чес­кие и не­ко­то­рые воз­рас­тные ас­пек­ты. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):41-50
Кли­ни­чес­кая сис­те­ма­ти­ка хро­ни­чес­ких бре­до­вых пси­хо­зов при ши­зоф­ре­нии и па­то­ло­гии ши­зоф­ре­ни­чес­ко­го спек­тра. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):65-74
За­тяж­ные и хро­ни­чес­кие эн­до­ген­ные ма­ни­акаль­ные и ма­ни­акаль­но-бре­до­вые сос­то­яния (пси­хо­па­то­ло­гия, ти­по­ло­гия, ди­на­ми­ка, кли­ни­ка). Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):75-81
Ме­ла­то­ни­нер­ги­чес­кий ан­ти­деп­рес­сант аго­ме­ла­тин: ауг­мен­та­ция ан­тип­си­хо­ти­ков в те­ра­пии пос­тши­зоф­ре­ни­чес­ких деп­рес­сий. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(8):5-12
Ме­та­бо­ли­чес­кий син­дром в кли­ни­чес­кой пси­хи­ат­ри­чес­кой прак­ти­ке. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(8):13-20
Сов­ре­мен­ные на­уч­ные и прак­ти­чес­кие под­хо­ды к по­ис­ку би­омар­ке­ров ста­ре­ния. Вос­ста­но­ви­тель­ные би­отех­но­ло­гии, про­фи­лак­ти­чес­кая, циф­ро­вая и пре­дик­тив­ная ме­ди­ци­на. 2024;(3):46-52
По­ли­мор­фные ва­ри­ан­ты в клас­те­ре ге­нов, ко­ди­ру­ющих ре­цеп­то­ры сле­до­вых ами­нов, и ког­ни­тив­ное фун­кци­они­ро­ва­ние у па­ци­ен­тов с расстройства­ми ши­зоф­ре­ни­чес­ко­го спек­тра и здо­ро­вых. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(9):122-128
Связь по­ка­за­те­лей вос­па­ле­ния с ус­та­лос­тью и го­тов­нос­тью при­ла­гать уси­лия у па­ци­ен­тов с кли­ни­чес­ким вы­со­ким рис­ком пси­хо­за. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(10):85-91

Генотип и фенотип являются фундаментальными понятиями генетики. В широком смысле этого термина генотип представляет собой совокупность элементов генома, которая определяет наблюдаемый у носителя данной совокупности признак, или фенотип. Проблема установления связи между генотипом и фенотипом не теряет своей актуальности в течение последнего столетия. Еще в 1932 г. А. Стертевант [1], ученик Т. Моргана и один из основоположников генетики, сформулировал свой взгляд на проблему «генотип—фенотип» такими словами: «Одна из центральных проблем биологии — это проблема дифференциации: как яйцо превращается в сложный многоклеточный организм? Это, конечно, традиционная главная проблема эмбриологии; но это также проявляется в генетике в форме вопроса: «Как гены производят свои эффекты?» [1].

За последние десятилетия в связи с поступательным развитием технологий исследования генома удалось значительно продвинуться в понимании связи генотип—фенотип для многих распространенных заболеваний, в том числе психических, в развитии которых значимую роль играют генетические факторы. Оказалось, что эта связь гораздо сложнее, чем предполагает упрощенный (редукционистский) подход, который заключается в том, что изменения в структурной последовательности ДНК конкретных генов прямым образом влияют на признак (заболевание). Этот подход до сих пор воспринимается клиницистами как определяющий в оценке риска болезни. Однако в формирование фенотипа может вносить вклад множество генов, причем многие из них могут быть общими для нескольких фенотипов. Связь генотип—фенотип может быть опосредована и эпигенетическими эффектами, т.е. факторами, которые влияют на активность (экспрессию) гена без изменения его нуклеотидной последовательности. Эти эффекты могут иметь различное происхождение — от наиболее изученного к настоящему времени метилирования определенных сайтов в геноме до только развивающихся представлений о роли удаленных регуляторных элементов генома в происхождении ряда заболеваний [2]. Важно отметить, что проблема влияния генотипа на фенотип в психиатрической генетике не может быть полностью решена, пока остается открытым вопрос о том, какие молекулярные механизмы лежат в основе этого влияния. В настоящее время значительные усилия мирового научного сообщества сосредоточены на поиске генов, которые связаны с заболеванием причинно-следственной связью, — каузальных генов [3, 4]. Для их поиска используют подходы и методы, связанные с транскрипцией генов (транскриптомные и эпигеномные, в частности метиломные, исследования), обнаружением нейрональных энхансеров на основании анализа пространственной организации хроматина и др. Поскольку эти методы сами по себе не могут выявить каузальные гены, для окончательного заключения необходима функциональная проверка, в частности с помощью современных методов геномного редактирования. Так как для процессов регуляции транскрипции характерна высокая тканеспецифичность, важной проблемой является учет этого фактора при биоинформатическом анализе полногеномных данных, а также при выборе адекватных моделей для функциональных исследований. В этом отношении перспективным направлением является получение клеточных культур индуцированных плюрипотентных клеток (ИПСК), которые можно дифференцировать в нейроны для изучения методами оценки экспрессии генов и геномного редактирования [5, 6], а также использование других моделей, например клеточной модели первичных нейрональных стволовых клеток на основе биоптатов обонятельного эпителия [7, 8].

Цель обзора — рассмотрение различных подходов к установлению связи генотип—фенотип применительно к шизофрении с учетом специфических для нее опосредующих факторов. В отличие от широкого понятия генотип, приведенного выше, мы будем рассматривать конкретные изменения в геноме или эпигеноме, описанные на сегодняшний день, которые связаны с шизофренией, на основании результатов опубликованных исследований.

Шизофрения относится к заболеваниям, этиология и патогенез которых до сих пор остаются невыясненными. Известно, что в развитии этого заболевания ключевую роль играют генетические факторы. По данным семейных и близнецовых исследований, наследуемость шизофрении достигает 80% [9]. Это сопоставимо с наследуемостью для биполярного аффективного расстройства (БАР), расстройств аутистического спектра (РАС), синдрома дефицита внимания с гиперактивностью (СДВГ), но гораздо выше, чем, например, для депрессии или нервной анорексии [10]. В то же время по сравнению с перечисленными заболеваниями шизофрению отличает наиболее высокая наследуемость, определенная по суммарному вкладу полиморфных вариантов, или полиморфизмов [10].

Связь генотип—фенотип в рамках классического подхода

Можно привести немного примеров, которые подтверждают, что изменение в нуклеотидной последовательности какого-либо гена или участка генома связано со значительным риском развития шизофрении.

Хромосомные мутации. Убедительные данные получены для синдрома Ди Джорджи (велокардиофациальный синдром) — редкого заболевания, вызванного делецией (выпадением) участка ДНК на хромосоме 22. Известно, что у 41% пациентов с этим синдромом по достижении взрослого возраста развиваются психотические расстройства или шизофрения [11]. Еще один пример — ген DICS (от англ. disrupted in schizophrenia), обнаруженный первоначально в большой шотландской семье, в которой психические расстройства, в том числе шизофрения, сочетались с хромосомной транслокацией с точкой разрыва в участке 1q42.2 [12]. Из мутаций, обнаруженных в родословных, можно привести мутацию в гене белка, содержащего РНК-связывающий мотив 12 (RBM12), результатом которой являлся укороченный продукт гена [13]. В исландской родословной все носители этой мутации (всего 10 человек) имели диагноз психотического расстройства (шизофрения, шизоаффективный психоз, БАР с психотическими симптомами).

Вариации числа копий. С высоким риском шизофрении оказались связаны и редкие изменения в структуре генома, которые получили название «вариации числа копий», или CNVs (от англ. copy number variations). CNVs — достаточно протяженные фрагменты генома, включающие в себя дупликации или делеции отдельных участков. Исследования последних лет показали, что некоторые CNVs ассоциированы с шизофренией, т.е. чаще встречаются у больных по сравнению со здоровыми людьми. К настоящему времени описано 8 участков в геноме, для которых ассоциация обнаружена при высоком уровне значимости, еще 9 участков рассматриваются как предположительно связанные с шизофренией [14]. С высоким риском развития шизофрении связаны CNVs, расположенные на хромосомных участках 1q21.1, 15q11, 15q13, 16p11, 22q11. Нужно отметить, что в большинстве случаев эти мутации образуются de novo, т.е. не передаются от родителей ребенку [15].

Мутации, связанные с нарушением функции гена. CNVs могут встраиваться в нуклеотидную последовательность гена или выпадать из нее, вызывая, таким образом, разрыв, что ведет за собой нарушение функции гена — такие участки получили название LOF (от англ. lost of function). Количество ассоциированных с шизофренией мутаций типа LOF пока невелико. Они обнаружены в генах субъединицы метилтрансферазы гистонов (SETD1A) и субъединицы типа II α-потенциал-зависимых натриевых каналов (SCN2A) [16, 17]. Недавно описана мутация, выявленная при исследовании большого количества (>2500) трио родители—пробанд, собранных в разных популяциях европеоидов [18]. Она представляет собой миссенс-мутацию, т.е. однонуклеотидную замену, в результате которой происходит переключение одного кодона на другой, и соответственно образование новой аминокислоты, в гене транспортера гамма-аминомасляной кислоты.

Однако описанные выше мутации встречаются в геноме крайне редко (единицы носителей на 1 тыс. обследованных), поэтому их влияние на фенотип представляется сугубо специфичным. Связь их с патогенетическими механизмами шизофрении до сих пор остается неясной. В решении проблемы могло бы помочь выявление какого-либо особого фенотипа, отличающего носителей мутаций от пациентов, у которых она не выявлена. Была предпринята попытка оценить фенотипические отличия больных шизофренией с de novo CNVs мутациями от больных, у которых мутации не были обнаружены [19]. По данным этого исследования, на появление мутаций мог оказать влияние более поздний возраст родителей, также в целом эти больные отличались худшим функциональным исходом болезни. Другим подходом для выявления причинно-следственной связи между мутацией и фенотипом являются модели с использованием лабораторных животных. Влияние манипуляций с генетическим материалом, содержащим мутацию (выключение функции гена, изменение его экспрессии), на фенотипические проявления (появление поведенческих отклонений, снижение когнитивных функций) является первым шагом в этом направлении. Также перспективным подходом представляется получение ИПСК из биологического материала пациента — носителя мутации, с последующей их дифференциацией в нейрональные культуры, анализом экспрессии генов в дифференцированных нейронах и функциональной проверкой с помощью геномного редактирования.

Полигенные (аддитивные) эффекты генов

В отличие от редких мутаций, которые могут объяснить только небольшую часть случаев развития шизофрении, значительная часть генетической наследуемости шизофрении, по-видимому, обусловлена вкладом большого количества генов. В пользу полигенной природы шизофрении свидетельствуют исследования с использованием анализа ассоциаций, который предусматривает сравнение частоты полиморфизмов генов в группах больных и здоровых людей. Полиморфизмы, ассоциированные с шизофренией, пытаются обнаружить в так называемых генах-кандидатах, т.е. генах, которые принимают участие в биохимических путях, имеющих отношение к патогенезу шизофрении. К настоящему времени обнаружено несколько десятков таких генов, в их числе гены моноаминоэргических систем, нейротрофических факторов, иммуно-воспалительной системы и т.д. [20]. К недостаткам такого рода исследований относят низкую статистическую мощность за счет небольших выборок и невозможности одновременного исследования большого количества полиморфизмов. Более эффективным с этой точки зрения является подход, получивший название «полногеномный анализ ассоциаций» (GWAS, от англ. genome-wide association studies). Он основан на использовании технологии биочипов, что позволяет выявлять сотни тысяч полиморфизмов. А проблема формирования выборок необходимого размера (десятки-сотни тысяч людей) решается путем объединения усилий многих научных коллективов, работающих в области генетики шизофрении, в международные консорциумы. В настоящее время наиболее продуктивным научным объединением является Psychiatric Genomics Consortium (PGC). Полученные в результате его работы данные и разработанные подходы к их анализу позволили по-новому взглянуть на связь между генотипом и фенотипом при шизофрении. В этом аспекте интерес представляют не столько новые локусы, ассоциированные с заболеванием, сколько подход, предлагающий интегративную оценку всех вариантов риска. Для этого определяют связь всех определенных полиморфизмов с заболеванием на основании силы ассоциации (значение вероятности (p)), полученной с помощью GWAS. Значение p зависит от размера выборки и частоты вариантов (аллелей) в полиморфном локусе, его выбор проводят эмпирически, для шизофрении, как правило, используют интервал 0,01—0,05. В результате получают количественную переменную, которая складывается из количества аллелей риска в геноме индивидуума, взвешенных на размер эффекта (отношение шансов). Оригинальное наименование этой переменной — polygenic risk score [21], в русском переводе может быть использован термин «показатель полигенного риска» (ППР). ППР оказался эффективным предиктором, позволяющим с точки зрения генетической предрасположенности провести разделяющую линию между патологией и нормой. Особо следует отметить его значимость для оценки риска развития шизофрении. Так, H. So и P. Sham [22] сравнили предиктивную способность ППР для 10 соматических и психических заболеваний и получили лучший результат для шизофрении (площадь под ROC-кривой, которая отражает качество классификации, составила 0,82). По данным наиболее масштабных анализов, проведенных в рамках PGC, при разделении выборки на децили по величине ППР отношение шансов при сравнении группы с наиболее низким ППР с группой с наиболее высоким ППР составило 20 для выборки 37 000 человек [23] и 44 для выборки 69 000 человек [24]. Эти величины сопоставимы с размером эффекта, рассчитанным для редких мутаций. Высокая эффективность ППР была продемонстрирована и в исследовании отдельных популяций. E. Agerbo и соавт. [25] показали, что в выборке из датской популяции люди, входящие в верхний дециль по ППР для шизофрении, имеют примерно в 3 раза больший риск заболеть, чем люди с семейной историей болезни, которая традиционно рассматривается в качестве наиболее весомого фактора риска шизофрении. Предиктивная способность ППР показана и в недавнем проспективном исследовании [26]. При 2-летнем наблюдении за индивидуумами с высоким риском развития психоза оказалось, что в группе людей, у которых имела место манифестация заболевания, ППР был выше. В ретроспективном исследовании пациентов с первичным диагнозом депрессии, поставленным 20 лет назад, ППР шизофрении был наиболее высоким в группе пациентов, у которых впоследствии отмечалось развитие психотических расстройств [27].

Значимость ППР заключается также в том, что с его помощью оказалось возможным оценить полигенную общность (генетические корреляции) между различными фенотипами [28]. Проведенный анализ позволил обнаружить генетические корреляции с большинством распространенных психических расстройств, включая БАР, большое депрессивное расстройство (БДР), РАС, СДВГ, тревожные расстройства, обсессивно-компульсивные расстройства, синдром Туретта, анорексию [29]. Нужно отметить, что наиболее сильные корреляции имели место при сравнении шизофрении с БАР и БДР, с остальными расстройствами они были гораздо слабее. Единственным расстройством, для которого не выявлено генетических корреляций с шизофренией, оказалось посттравматическое стрессовое расстройство. Включение в анализ ряда нейродегенеративных и неврологических заболеваний (болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона, эпилепсия, ишемический инсульт, мигрень, рассеянный склероз) продемонстрировало отсутствие генетических корреляций с шизофренией, при этом слабые корреляции при сравнении психических и неврологических заболеваний выявлены между мигренью и БДР и мигренью и СДВГ.

Представленные данные показывают, что ППР для шизофрении действительно обладают специфичностью, если сравнивать их с другими патологиями центральной нервной системы. В то же время имеют место общие (плейотропные) эффекты генотипа на фенотип при сравнении шизофрении с близкими по клинической картине психическими расстройствами. Феномен плейотропии косвенно указывает на то, что для формирования фенотипа шизофрении необходим учет влияния как распространенных полиморфизмов (полигенный риск), так и других факторов, в том числе эпигенетических и стохастических [30].

Влияние эпигенетических факторов

Изучение связи генотип—фенотип в значительной степени осложняет необходимость учета эпигенетических факторов. Как отмечалось выше, к ним относят разного рода изменения в геноме, которые влияют на экспрессию генов путем химических модификаций, но при этом не затрагивают первичную структуру ДНК. Совокупность эпигенетических изменений (меток) формирует эпигеном, регулирующая роль которого реализуется через различные механизмы и на различных уровнях организации ДНК (метилирование ДНК, модификация гистонов, модификация структуры хроматина, включая его доступность и топологию).

В настоящее время не вызывает сомнения факт, что связь между генетическими предпосылками и шизофренией в значительной мере опосредована эпигенетическими факторами. Наибольшее внимание в этом аспекте уделялось метилированию ДНК, которое относится к наиболее стабильным и хорошо охарактеризованным эпигенетическим модификациям. Как правило, метилирование имеет место в участках генома, обогащенных цитозином (C) и гуанином (G), которые получили название CpG сайты. Изменение уровня метилирования при шизофрении отмечено как для отдельных генов-кандидатов, так при полногеномных исследованиях сайтов метилирования [31—33].

Большой интерес исследователей вызывают так называемые некодируюшие участки генома. По данным GWAS, при шизофрении однонуклеотидные полиморфизмы в генах, потенциально повреждающие структуру кодируемых белков за счет изменений в их аминокислотной последовательности, обнаружены только в 2—7% от ассоциированных с заболеванием локусов риска [24, 34]. Биоинформатический анализ показал, что большая часть полиморфизмов, ассоциированных с шизофренией, расположена не в кодирующей, а в регуляторной части генома [35]. Эти участки содержат регуляторные элементы (различные типы некодирующих микроРНК (ncRNAs), инсуляторы, промоторы, энхансеры, связывающие сайты для транскрипционных факторов), контролирующие экспрессию гена, при этом они не всегда регулируют ген, ближайший к ним в последовательности генома, а могут находиться на большом расстоянии от сайтов инициации транскрипции [36]. Таким образом, ассоциированные с шизофренией полиморфизмы могут влиять на фенотип не через структуру белков, а через уровень экспрессии генов, в частности за счет регуляции процесса транскрипции. Транскрипция, или копирование информации с ДНК на РНК, является ключевым процессом, контролирующим экспрессию гена. Эффективность процесса зависит от точности его регуляции, поскольку за счет этого не только поддерживается нормальное функционирование клетки, но и обеспечивается соответствующий адаптивный ответ на внешние воздействия и сигналы. Поэтому неудивительно, что 10% (примерно 3000) от всех аннотированных генов в геноме человека кодируют транскрипционные факторы [37]. Нарушение процесса транскрипции на ранних этапах развития головного мозга может играть важную роль в развитии шизофрении. В связи с этим изучение регионов, содержащих элементы, регулирующие транскрипцию, является в настоящее время одним из приоритетов в установлении генетических механизмов этого заболевания. Нужно отметить, что эпигенетические изменения часто проявляют себя только в определенных тканях. Соответственно для шизофрении это могут быть определенные клеточные популяции головного мозга. При сопоставлении данных геномного и транскриптомного анализов генетические факторы, определяющие предрасположенность к шизофрении, оказались расположены вблизи генов, специфически активных в нескольких типах клеток мозга: в пирамидальных нейронах коры и медианных шипиковых нейронах стриатума [38].

Модулирующий эффект средовых факторов на геном и эпигеном

Средовые факторы риска шизофрении, хотя их роль в развитии заболевания не является столь весомой по сравнению с генетическими причинами, представлены различными воздействиями на организм. В недавнем метаанализе выделено 170 факторов, наиболее важными из которых оказались социально-демографические (миграционные) и социально-экономические (семейные), а также действующие на ранних (пери- и постнатальные осложнения) и более поздних (стрессы, инфекции) стадиях развития [39]. В соответствии с современными представлениями средовые факторы увеличивают риск развития шизофрении у людей с определенной генетической уязвимостью. Например, при наличии в анамнезе детской психологической травмы риск заболевания возрастал у носителей определенного варианта гена нейротрофического фактора головного мозга, а употребление марихуаны влияло на риск в зависимости от варианта гена катехол-О-метилтрансферазы [40]. Средовые факторы могут также модулировать развитие шизофрении на уровне регуляции экспрессии генов (метилирование ДНК). Первые результаты в этом направлении получены при изучении первого психотического эпизода, развитие которого во многом зависит от стрессовых воздействий, действующих как на ранних, так и на поздних стадиях развития мозга [41]. Также сообщается и о более сложных взаимодействиях между генетическими, эпигеномными и средовыми факторами, в частности с помощью биоинформатического анализа показано, что генетические варианты риска шизофрении, определенные по результатам GWAS, действуют посредством влияния на регуляторные элементы в специфических подтипах иммунных клеток, модулируя ответ этих клеток на инфекции и другие средовые воздействия [42].

Таким образом, приведенные в настоящем обзоре данные указывают на то, что понятие «фенотип» применительно к шизофрении не сводится лишь к причинно-следственному отражению изменений в структуре определенного гена, а является продуктом совокупного воздействия средовых факторов и эпигенетических изменений, влияющих на экспрессию генов с учетом тканеспецифичности и степени стимуляции клеток. Из этого следует, что актуальным для текущего периода молекулярно-генетических исследований шизофрении является переход к более углубленному исследованию связи генотип—фенотип, в частности к построению интегративных моделей, полученных на основе полногеномных и эпигеномных данных, функционального биоинформатического анализа, а также модельных исследований с использованием ИПСК.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Подтверждение e-mail

На test@yandex.ru отправлено письмо со ссылкой для подтверждения e-mail. Перейдите по ссылке из письма, чтобы завершить регистрацию на сайте.

Подтверждение e-mail

Мы используем файлы cооkies для улучшения работы сайта. Оставаясь на нашем сайте, вы соглашаетесь с условиями использования файлов cооkies. Чтобы ознакомиться с нашими Положениями о конфиденциальности и об использовании файлов cookie, нажмите здесь.