Сайт издательства «Медиа Сфера»
содержит материалы, предназначенные исключительно для работников здравоохранения. Закрывая это сообщение, Вы подтверждаете, что являетесь дипломированным медицинским работником или студентом медицинского образовательного учреждения.

Иванова А.С.

ГНУ «Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси»

Сивицкая Л.Н.

ГНУ «Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси»

Куликова С.Л.

РНПЦ Неврологии и нейрохирургии

Левданский О.Д.

ГНУ «Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси»

Давыденко О.Г.

ГНУ «Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси»

Применение массового параллельного секвенирования ДНК для диагностики лекарственно-устойчивой эпилепсии у детей*

Авторы:

Иванова А.С., Сивицкая Л.Н., Куликова С.Л., Левданский О.Д., Давыденко О.Г.

Подробнее об авторах

Прочитано: 693 раза


Как цитировать:

Иванова А.С., Сивицкая Л.Н., Куликова С.Л., Левданский О.Д., Давыденко О.Г. Применение массового параллельного секвенирования ДНК для диагностики лекарственно-устойчивой эпилепсии у детей*. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2021;39(4):35‑38.
Ivanova AS, Sivitskaya LN, Kulikova SL, Liaudanski AD, Davydenko OG. Massive parallel DNA sequencing for the diagnosis of drug-resistant epilepsy in children. Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2021;39(4):35‑38. (In Russ.)
https://doi.org/10.17116/molgen20213904135

Рекомендуем статьи по данной теме:
Эпи­леп­сия при му­та­ции ге­на PCDH19: по­лип­раг­ма­зия как следствие слож­нос­ти и мно­го­об­ра­зия ме­ха­низ­мов па­то­ге­не­за. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):51-55
Изу­че­ние эф­фек­тив­нос­ти при­ме­не­ния фе­но­за­но­вой кис­ло­ты при эпи­леп­сии, соп­ро­вож­да­ющей­ся ас­те­ни­чес­ки­ми на­ру­ше­ни­ями. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(7):89-97
По­ли­мор­физм и сов­ре­мен­ные воз­мож­нос­ти ди­аг­нос­ти­ки врож­ден­но­го амав­ро­за Ле­бе­ра. Вес­тник оф­таль­мо­ло­гии. 2024;(5):56-62
Выз­ван­ные эпи­леп­си­ей осо­бен­нос­ти лич­нос­тно­го про­фи­ля сог­лас­но мо­де­ли «Боль­шая пя­тер­ка». Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(10):16-21
Ин­тег­ра­ция NGS-тес­ти­ро­ва­ния со стан­дар­тны­ми ме­то­да­ми мо­ле­ку­ляр­но-ге­не­ти­чес­ких ис­сле­до­ва­ний в он­ко­ло­гии. Он­ко­ло­гия. Жур­нал им. П.А. Гер­це­на. 2024;(6):84-90
Роль ге­нов до­фа­ми­нер­ги­чес­кой сис­те­мы в раз­ви­тии хро­ни­чес­кой миг­ре­ни и ле­карствен­но-ин­ду­ци­ро­ван­ной го­лов­ной бо­ли. Рос­сий­ский жур­нал бо­ли. 2024;(4):24-29
Мик­рос­трук­тур­ные из­ме­не­ния го­лов­но­го моз­га у па­ци­ен­тов с фо­каль­ной ви­соч­ной эпи­леп­си­ей по дан­ным диф­фу­зи­он­но-кур­то­зис­ной МРТ. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(11):171-177
Ото­ток­сич­ность, обус­лов­лен­ная при­емом про­ти­во­эпи­леп­ти­чес­ких пре­па­ра­тов. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(12):14-19
Ста­тус аб­сан­сов у взрос­лых. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(12):47-56
Ко­мор­бид­ные тре­вож­ные расстройства у па­ци­ен­тов с нев­ро­ло­ги­чес­кой па­то­ло­ги­ей: сов­ре­мен­ное сос­то­яние проб­ле­мы и мес­то эти­фок­си­на в стра­те­гии ле­че­ния. Жур­нал нев­ро­ло­гии и пси­хи­ат­рии им. С.С. Кор­са­ко­ва. 2024;(12):126-136

Введение

Эпилепсия — распространенное неврологическое заболевание, характеризующееся предрасположенностью к возникновению эпилептических приступов. Более 70 млн человек во всем мире страдают эпилепсией [1]. Примерно 20—30% случаев этого заболевания обусловлены приобретенными состояниями или внешними факторами, например, родовой травмой, внутриутробной инфекцией или врожденной аномалией, приводящими к повреждениям мозга. Остальные 70—80% случаев не имеют объяснимой причины и вызваны генетическими факторами [2]. Такие судорожные расстройства традиционно называются идиопатическими (генетическими) эпилепсиями.

Наиболее часто идиопатическая эпилепсия наблюдается в детском и подростковом возрасте, при этом у 7—20% детей заболевание протекает в лекарственно-устойчивой форме [3]. В таких случаях для подбора адекватной терапии особую важность имеет уточненный диагноз, основанный на установлении конкретного генетического дефекта, который вызывает эпилептическую активность. В настоящее время для подобных диагностических целей активно применяются технологии NGS.

Цель работы — поиск патогенных вариантов нуклеотидных последовательностей, обусловливающих развитие лекарственно-устойчивой эпилепсии у детей.

Материал и методы

В исследованную группу вошли 12 человек (5 девочек и 7 мальчиков в возрасте 4—13 лет) с фармакорезистентной эпилепсией и отсутствием структурных изменений головного мозга по данным магнитно-резонансной томографии. Образцы ДНК пациентов были предоставлены РНПЦ Неврологии и нейрохирургии (Минск, Беларусь).

Поиск патогенных генетических вариантов, повлекших развитие эпилепсии, выполняли методом массового параллельного секвенирования ДНК с использованием панели генов TruSight One Expanded Sequencing Panel (Illumina Inc., USA) на приборе NextSeq (Illumina Inc., США). Биоинформатический анализ данных NGS проведен с помощью приложений DRAGEN Enrichment и DRAGEN CNV Baseline Builder [4]. Потенциально патогенные варианты нуклеотидных последовательностей верифицировали с помощью секвенирования по Сэнгеру для точечных замен, ПЦР-анализа для делеции.

Результаты и обсуждения

У 5 (42%) пациентов обнаружены патогенные и вероятно патогенные варианты нуклеотидных изменений в генах CACNA1A, GABRA1, STXBP1, MECP2 и WDR45. Во всех случаях определено их de novo происхождение.

Эпилепсия характеризуется генетической гетерогенностью и может быть вызвана мутациями в генах, задействованных в таких клеточных процессах, как транспорт ионов внутри и между клетками, рост и дифференциация клеток, регуляция синаптических процессов, регуляция активности ферментов и др. [5].

Наиболее часто среди генетических факторов возникновения эпилепсии встречаются мутации в генах ионных каналов (SCN1A, KCNA1, CACNA1A, GRIN2A) [6]. Ионные каналы принимают непосредственное участие в модуляции возбудимости нервной системы, регулируя поток ионов через клетки и, таким образом, влияя на генерацию нервных импульсов и возникновение судорожной активности.

В исследованной группе у мальчика 5 лет с нарушением темпов речевого развития, эпилепсией с фебрильными приступами плюс (GEFS+), был обнаружен и подтвержден патогенный de novo вариант c.2137G>T в 17 экзоне гена CACNA1A (NM_001127221.2). Ген CACNA1A кодирует порообразующую субъединицу потенциал-зависимого кальциевого канала CaV2.1, а вышеуказанная мутация приводит к замене аминокислотных остатков p.A713S в ней. Согласно клинико-генетическим базам данных и научной литературе, миссенс-мутации в гене CACNA1A являются причинами развития эпилептической энцефалопатии, генерализованной эпилепсии [7].

Помимо дефектов в ионных каналах, причины эпилепсии могут скрываться в нарушениях сигнальных путей ЦНС. К этому приводят мутации в генах мембранных рецепторов, сигнальных молекул, компонентов синапсов и др. Так, у мальчика 6 лет с эпилепсией с фебрильными приступами плюс (GEFS+), проявившейся в семимесячном возрасте, и нарушением темпов речевого развития мы обнаружили миссенс-мутацию c.1015A>G в 10 экзоне GABRA1 (NM_001127643.2). Этот ген кодирует рецептор гамма-аминомасляной кислоты типа A (рецептор GABAA) — лиганд-зависимый Cl--канал, который обеспечивает основные тормозные функции в центральной нервной системе. Многие противоэпилептические препараты являются агонистами рецепторов GABAA, поэтому мутации в этом гене могут быть причиной возникновения фармакорезистентности при эпилепсии [8].

Нарушения высвобождения нейротрансмиттеров также могут быть связаны с эпилепсией. Мутация loss-of-function c.1570A>T в экзоне 18 гена STXBP1 (NM_003165.6) была обнаружена у мальчика 8 лет с дебютом эпилепсии в 4 года с наличием частых фокальных резистентных к терапии приступов, нарушением психоречевого развития, расстройством аутистического спектра и атонически-астатическим синдромом. Ген STXBP1 кодирует синтаксин-связывающий белок-1, который влияет на высвобождение нейромедиаторов через регуляцию слияния синаптических пузырьков с пресинаптической мембраной. Известно, что мутации в генах GABRA1 и STXBP1 приводят к эпилептической энцефалопатии, синдрому Драве, синдрому Веста и энцефалопатии развития [9].

Эпилептические симптомы могут являться частью комплексного расстройства, основные проявления которого могут быть достаточно специфичны.

К психоневрологическим заболеваниям с эпилептическими проявлениями относится синдром Ретта (OMIM #312750). Известно, что наиболее частыми причинами синдрома Ретта являются loss-of-function мутации в гене MECP2 [10]. Этот ген кодирует метил-CpG-связывающий белок, участвующий в регуляции экспрессии генов путем метилирования хроматина. Делеция c.1117_1199del длиной 82 п.н. в 4 экзоне гена MECP2 (NM_004992.4.) была выявлена у девочки 5 лет с дебютом ежедневных фокальных приступов, связанных со сном, в возрасте 3 лет и энцефалопатией развития. У пациентки наблюдался регресс психоречевого и моторного развития, генерализованный тремор туловища и конечностей с сопутствующими стереотипными движениями в верхних конечностях. Делеция c.1117_1199del приводит к сдвигу рамки считывания и прекращению синтеза метил-CpG-связывающего белка p.S373fs. Таким образом, обнаруженная мутация обусловливает развитие клинического симптомокомплекса синдрома Ретта у пациентки.

Эпилепсия может сопровождать нейрометаболические болезни, в частности, такие нарушения обмена металлов, как нейродегенеративные заболевания с накоплением железа в мозге (OMIM #300894). Эти состояния в основном характеризуются энцефалопатиями и серьезной задержкой развития, эпилепсия может выступать дополнительным симптомом. Мы обнаружили de novo мутацию c.755T>C в 9 экзоне гена WDR45 (NM_001029896) у восьмилетней девочки с манифестацией в 1 год и 7 месяцев эпилепсии с наличием тонико-клонических приступов, частично фебрильно-ассоциированных, со склонностью к статусному течению, умеренным экстрапирамидным синдромом и особенностями поведения аутистического спектра. Специфическим признаком было накопление железа в подкорковых ядрах. Ген WDR45 играет важную роль в аутофагии, системе внутриклеточной деградации, суть которой заключается в упаковке цитоплазматических компонентов в аутофагосомы и их доставке в лизосомы для последующей деградации. У пациентов с мутациями в этом гене наблюдается более низкая аутофагическая активность и, как следствие, накопление аберрантных аутофагических структур в клетках. Таким образом, мутации в гене WDR45 могут приводить к нейродегенерации с накоплением железа в мозге и эпилепсии [11, 12].

Заключение

Генетические причины возникновения эпилепсии очень разнообразны, и массовое параллельное секвенирование ДНК является одним из самых эффективных методов поиска патогенных изменений нуклеотидной последовательности при подобных заболеваниях. В результате настоящего исследования с помощью NGS был подтвержден диагноз и найдена причина лекарственно-устойчивой эпилепсии в 42% случаев.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

The authors declare no conflicts of interest.

От каждого из включенных в исследование участников было получено информированное добровольное согласие.

Подтверждение e-mail

На test@yandex.ru отправлено письмо со ссылкой для подтверждения e-mail. Перейдите по ссылке из письма, чтобы завершить регистрацию на сайте.

Подтверждение e-mail

Мы используем файлы cооkies для улучшения работы сайта. Оставаясь на нашем сайте, вы соглашаетесь с условиями использования файлов cооkies. Чтобы ознакомиться с нашими Положениями о конфиденциальности и об использовании файлов cookie, нажмите здесь.