Сайт издательства «Медиа Сфера»
содержит материалы, предназначенные исключительно для работников здравоохранения. Закрывая это сообщение, Вы подтверждаете, что являетесь дипломированным медицинским работником или студентом медицинского образовательного учреждения.

Шаталов П.А.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Веселовский Е.М.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Райгородская М.П.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Шинкаркина А.П.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Мурзаева А.В.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Дорошенко Ю.А.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Аверинская Д.А.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Траспов А.А.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Каприн А.Д.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России;
ФГАОУ ВО «Российский университет дружбы народов»

Шегай П.В.

ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр радиологии» Минздрава России

Интеграция NGS-тестирования со стандартными методами молекулярно-генетических исследований в онкологии

Авторы:

Шаталов П.А., Веселовский Е.М., Райгородская М.П., Шинкаркина А.П., Мурзаева А.В., Дорошенко Ю.А., Аверинская Д.А., Траспов А.А., Каприн А.Д., Шегай П.В.

Подробнее об авторах

Прочитано: 1106 раз


Как цитировать:

Шаталов П.А., Веселовский Е.М., Райгородская М.П., и др. Интеграция NGS-тестирования со стандартными методами молекулярно-генетических исследований в онкологии. Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2024;13(6):84‑90.
Shatalov PA, Veselovsky EM, Raygorodskaya MP, et al. Integration of NGS testing with conventional molecular genetic methods in oncology. P.A. Herzen Journal of Oncology. 2024;13(6):84‑90. (In Russ.)
https://doi.org/10.17116/onkolog20241306184

Рекомендуем статьи по данной теме:

Литература / References:

  1. Mosele MF, Westphalen CB, Stenzinger A, Barlesi F, Bayle A, Bièche I, Bonastre J, Castro E, Dienstmann R, Krämer A, et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol. 2024;35(7):588-606.  https://doi.org/10.1016/j.annonc.2024.04.005
  2. Shigemizu D, Miya F, Akiyama S, Okuda S, Boroevich KA, Fujimoto A, Nakagawa H, Ozaki K, Niida S, Kanemura Y, et al. IMSindel: an accurate intermediate-size indel detection tool incorporating de novo assembly and gapped global-local alignment with split read analysis. Sci Rep. 2018;8(1):5608. https://doi.org/10.1038/s41598-018-23978-z
  3. Singh AK, Olsen MF, Lavik LAS, Vold T, Drabløs F, Sjursen W. Detecting copy number variation in next generation sequencing data from diagnostic gene panels. BMC Med Genomics. 2021;14(1):214.  https://doi.org/10.1186/s12920-021-01059-x
  4. Heyer EE, Deveson IW, Wooi D, Selinger CI, Lyons RJ, Hayes VM, O’Toole SA, Ballinger ML, Gill D, Thomas DM, et al. Diagnosis of fusion genes using targeted RNA sequencing. Nat Commun. 2019;10(1):1388. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09374-9
  5. Rodon J, Soria JC, Berger R, Miller WH, Rubin E, Kugel A, Tsimberidou A, Saintigny P, Ackerstein A, Braña I, et al. Genomic and transcriptomic profiling expands precision cancer medicine: the WINTHER trial. Nat Med. 2019;25(5):751-758.  https://doi.org/10.1038/s41591-019-0424-4
  6. Bhatt A, Papazoglu C, Shukla P, Wu JJ. Turnaround time of tissue next generation sequencing in cancer patients at a safety net hospital: a quality improvement project. J Clin Oncol. 2023;41(16 Suppl.):e18707. https://doi.org/10.1200/JCO.2023.41.16_suppl.e18707
  7. von Itzstein MS, Smith ML, Railey E, White CB, Dieterich JS, Garrett-Mayer L, Bruinooge SS, Freedman AN, De Moor J, Gray SW, et al. Accessing targeted therapies: a potential roadblock to implementing precision oncology? JCO Oncol Pract. 2021;17(7):e999-e1011. https://doi.org/10.1200/OP.20.00927
  8. Vashistha V, Katsoulakis E, Guo A, Price M, Ahmed S, Kelley MJ. Molecular-guided off-label targeted therapy in a large-scale precision oncology program. JCO Precis Oncol. 2023;7:e2200518. https://doi.org/10.1200/PO.22.00518
  9. Батенева Е.И., Кадочникова В.В., Трофимов Д.Ю., Филиппова М.Г., Мещеряков А.А., Любченко Л.Н. Обоснование состава диагностической панели для генетического скрининга больных раком молочной железы и/или раком яичников: спектр частых мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 в российской популяции. Медицинская генетика. 2013;12(7):26-31. 
  10. Sokolenko AP, Bakaeva EKh, Venina AR, Kuligina ESh, Romanko AA, Aleksakhina SN, Belysheva YV, Belogubova EV, Stepanov IA, Zaitseva OA, et al. Ethnicity-specific BRCA1, BRCA2, PALB2, and ATM pathogenic alleles in breast and ovarian cancer patients from the North Caucasus. Breast Cancer Res Treat. 2024;203:307-315.  https://doi.org/10.1007/s10549-023-07135-3
  11. Sokolenko AP, Sokolova TN, Ni VI, Preobrazhenskaya EV, Iyevleva AG, Aleksakhina SN, Romanko AA, Bessonov AA, Gorodnova TV, Anisimova EI, et al. Frequency and spectrum of founder and non-founder BRCA1 and BRCA2 mutations in a large series of Russian breast cancer and ovarian cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2020;184:229-235.  https://doi.org/10.1007/s10549-020-05827-8
  12. Имянитов Е., Филипенко М., Кекеева Т., Демидова И. Практические аспекты тестирования наследственных мутаций в генах BRCA1/2: позиция Межрегиональной организации молекулярных генетико в онкологии и онкогематологии. Вопросы онкологии. 2022;68(3):260-266.  https://doi.org/10.37469/0507-3758-2022-68-3-260-266
  13. Konstantinopoulos PA, Norquist B, Lacchetti C, Armstrong D, Grisham RN, Goodfellow PJ, Kohn EC, Levine DA, Liu JF, Lu KH, et al. Germline and somatic tumor testing in epithelial ovarian cancer: ASCO Guideline. JCO. 2020;38(11):1222-1245. https://doi.org/10.1200/JCO.19.02960
  14. Karakas B, Bachman KE, Park BH. Mutation of the PIK3CA oncogene in human cancers. Br J Cancer. 2006;94(4):455-459.  https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6602970
  15. André F, Ciruelos E, Rubovszky G, Campone M, Loibl S, Rugo HS, Conte P, Mayer IA, Kaufman B, Yamashita T, et al.; SOLAR-1 Study Group. Alpelisib for PIK3CA — mutated, hormone receptor-positive advanced breast cancer. N Engl J Med. 2019;380(20):1929-1940. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1813904
  16. Martínez-Sáez O, Chic N, Pascual T, Adamo B, Vidal M, González-Farré B, Sanfeliu E, Schettini F, Conte B, Brasó-Maristany F, et al. Frequency and spectrum of PIK3CA somatic mutations in breast cancer. Breast Cancer Res. 2020;22(1):45.  https://doi.org/10.1186/s13058-020-01284-9
  17. Roche. Diagnostics. cobas® PIK3CA mutation test. Available at: https://diagnostics.roche.com/us/en/products/lab/cobas-pik3ca-mutation-test-rmd-4800-pik3ca-001.html(accessedSeptember2,2024).
  18. Rugo HS, Raskina K, Schrock AB, Madison RW, Graf RP, Sokol ES, Sivakumar S, Lee JK, Fisher V, Oxnard GR, et al. Biology and targetability of the extended spectrum of PIK3CA mutations detected in breast carcinoma. Clin Cancer Res. 2023;29(6):1056-1067. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-22-2115
  19. Wolff AC, Somerfield MR, Dowsett M, Hammond MEH, Hayes DF, McShane LM, Saphner TJ, Spears PA, Allison KH. Human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer. Arch Pathol Lab Med. 2023;147(9):993-1000. https://doi.org/10.5858/arpa.2023-0950-SA
  20. O’Haire S, Franchini F, Kang YJ, Steinberg J, Canfell K, Desai J, Fox S, IJzerman M. Systematic review of NTRK 1/2/3 fusion prevalence pan-cancer and across solid tumours. Sci Rep. 2023;13(1):4116. https://doi.org/10.1038/s41598-023-31055-3
  21. Nakamura K, Aimono E, Oba J, Hayashi H, Tanishima S, Hayashida T, Chiyoda T, Kosaka T, Hishida T, Kawakubo H, et al. Estimating copy number using next-generation sequencing to determine ERBB2 amplification status. Med Oncol. 2021;38(4):36.  https://doi.org/10.1007/s12032-021-01482-1
  22. Benson AB, Venook AP, Adam M, Chang G, Chen YJ, Ciombor KK, Cohen SA, Cooper HS, Deming D, Garrido-Laguna I, et al. Colon cancer, version 5.2024, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. J Natl Compr Canc Netw. 2024;22(2 D):e240029. https://doi.org/10.6004/jnccn.2024.0029
  23. Cenaj O, Ligon AH, Hornick JL, Sholl LM. Detection of ERBB2 amplification by next-generation sequencing predicts HER2 expression in colorectal carcinoma. Am J Clin Pathol. 2019;152(1):97-108.  https://doi.org/10.1093/ajcp/aqz031
  24. Ajani JA, D’Amico TA, Bentrem DJ, Chao J, Cooke D, Corvera C, Das P, Enzinger PC, Enzler T, Fanta P, et al. Gastric cancer, version 2.2022, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. J Natl Compr Canc Netw. 2022;20(2):167-192.  https://doi.org/10.6004/jnccn.2022.0008
  25. Stransky N, Cerami E, Schalm S, Kim JL, Lengauer C. The landscape of kinase fusions in cancer. Nat Commun. 2014;5:4846. https://doi.org/10.1038/ncomms5846
  26. Hong DS, DuBois SG, Kummar S, Farago AF, Albert CM, Rohrberg KS, van Tilburg CM, Nagasubramanian R, Berlin JD, Federman N, et al. Larotrectinib in patients with TRK fusion-positive solid tumours: a pooled analysis of three phase 1/2 clinical trials. Lancet Oncol. 2020;21(4):531-540.  https://doi.org/10.1016/S1470-2045(19)30856-3
  27. Doebele RC, Drilon A, Paz-Ares L, Siena S, Shaw AT, Farago AF, Blakely CM, Seto T, Cho BC, Tosi D, et al.; trial investigators. Entrectinib in patients with advanced or metastatic NTRK fusion-positive solid tumours: integrated analysis of three phase 1-2 trials. Lancet Oncol. 2020;21(2):271-282.  https://doi.org/10.1016/S1470-2045(19)30691-6
  28. Marchiò C, Scaltriti M, Ladanyi M, Iafrate AJ, Bibeau F, Dietel M, Hechtman JF, Troiani T, López-Rios F, Douillard JY, et al. ESMO recommendations on the standard methods to detect NTRK fusions in daily practice and clinical research. Ann Oncol. 2019;30(9):1417-1427. https://doi.org/10.1093/annonc/mdz204
  29. Рубрикатор клинических рекомендаций. Доступно по: https://cr.minzdrav.gov.ru/schema/30_4 (accessed September 2, 2024). https://cr.minzdrav.gov.ru/schema/30_4(accessedSeptember2,2024).
  30. Schram AM, Goto K, Kim DW, Martin-Romano P, Ou SHI, O’Kane GM, O’Reilly EM, Duruisseaux UM, Neuzillet C, Opdam F, et al. Efficacy and safety of zenocutuzumab, a HER2 x HER3 bispecific antibody, across advanced NRG1 fusion (NRG1+) cancers. JCO. 2022;40(16 Suppl.):105.  https://doi.org/10.1200/JCO.2022.40.16_suppl.105
  31. Mu W, Lu HM, Chen J, Li S, Elliott AM. Sanger confirmation is required to Aahieve optimal sensitivity and specificity in next-generation sequencing panel testing. J Mol Diagn. 2016;18(6):923-932.  https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2016.07.006
  32. Arteche-López A, Ávila-Fernández A, Romero R, Riveiro-Álvarez R, López-Martínez MA, Giménez-Pardo A, Vélez-Monsalve C, Gallego-Merlo J, García-Vara I, Almoguera B, et al. Sanger sequencing is no longer always necessary based on a single-center validation of 1109 NGS variants in 825 clinical exomes. Sci Rep. 2021;11(1):5697. https://doi.org/10.1038/s41598-021-85182-w
  33. Tung N, Ricker C, Messersmith H, Balmaña J, Domchek S, Stoffel EM, Almhanna K, Arun B, Chavarri-Guerra Y, Cohen SA, et al. Selection of germline genetic testing panels in atients with cancer: ASCO Guideline. J Clin Oncol. 2024;42(21):2599-2615. https://doi.org/10.1200/JCO.24.00662
  34. Levine R, Kahn RM, Perez L, Brewer J, Ratner S, Li X, Yeoshoua E, Frey MK. Cascade genetic testing for hereditary cancer syndromes: a review of barriers and breakthroughs. Fam Cancer. 2024;23(2):111-120.  https://doi.org/10.1007/s10689-024-00373-4
  35. Whitaker KD, Obeid E, Daly MB, Hall MJ. Cascade genetic testing for hereditary cancer risk: an underutilized tool for cancer prevention. JCO Precis Oncol. 2021;5:1387-1396. https://doi.org/10.1200/PO.21.00163
  36. Agiannitopoulos K, Potska K, Katseli A, Ntogka C, Tsaousis GN, Pepe G, Bouzarelou D, Tsoulos N, Papathanasiou A, Ziogas D, et al. Only 32.3% of breast cancer families with pathogenic variants in cancer genes utilized cascade genetic testing. Cancers (Basel). 2023;15(21):5218. https://doi.org/10.3390/cancers15215218
  37. Louis DN, Perry A, Wesseling P, Brat DJ, Cree IA, Figarella-Branger D, Hawkins C, Ng HK, Pfister SM, Reifenberger G, et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary. Neuro Oncol. 2021;23(8):1231-1251. https://doi.org/10.1093/neuonc/noab106
  38. Kaur K. Molecular classification of diffuse gliomas. In: Turner SG, ed. Central nervous system tumors. Intech Open; 2022. https://doi.org/10.5772/intechopen.98296
  39. Nabors LB, Portnow J, Ammirati M, Baehring J, Brem H, Butowski N, et al. Central Nervous System Cancers, version 2.2024. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.
  40. Cancer Genome Atlas Research Network; Kandoth C, Schultz N, Cherniack AD, Akbani R, Liu Y, Shen H, Robertson AG, Pashtan I, Shen R, Benz CC, et al. Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma. Nature. 2013;497(7447):67-73.  https://doi.org/10.1038/nature12113
  41. Concin N, Matias-Guiu X, Vergote I, Cibula D, Mirza MR, Marnitz S, Ledermann J, Bosse T, Chargari C, Fagotti A, et al. ESGO/ESTRO/ESP guidelines for the management of patients with endometrial carcinoma. Int J Gynecol Cancer. 2021;31(1):12-39.  https://doi.org/10.1136/ijgc-2020-002230
  42. Laczmanska I, Michalowska D, Jedryka M, Blomka D, Semeniuk M, Czykalko E, Abrahamowska M, Mlynarczykowska P, Chrusciel A, Pawlak I, et al. Fast and reliable Sanger POLE sequencing protocol in FFPE tissues of endometrial cancer. Pathol Res Pract. 2023;242:154315. https://doi.org/10.1016/j.prp.2023.154315
  43. Rao Q, Liao J, Li Y, Zhang X, Xu G, Zhu C, Tian S, Chen Q, Zhou H, Zhang B. Application of NGS molecular classification in the diagnosis of endometrial carcinoma: a supplement to traditional pathological diagnosis. Cancer Med. 2023;12(5):5409-5419. https://doi.org/10.1002/cam4.5363
  44. Zhu L, Xu R, Yang L, Shi W, Zhang Y, Liu J, Li X, Zhou J, Bing P. Minimal residual disease (MRD) detection in solid tumors using circulating tumor DNA: a systematic review. Front Genet. 2023;14:1172108. https://doi.org/10.3389/fgene.2023.1172108
  45. Sato S, Nakamura Y, Oki E, Yoshino T. Molecular residual disease-guided adjuvant treatment in resected colorectal cancer: focus on CIRCULATE-Japan. Clin Colorectal Cancer. 2023;22(1):53-58.  https://doi.org/10.1016/j.clcc.2022.12.001
  46. Reinert T, Henriksen TV, Christensen E, Sharma S, Salari R, Sethi H, Knudsen M, Nordentoft I, Wu HT, Tin AS, et al. Analysis of plasma cell-free DNA by ultradeep sequencing in patients with stages I to III colorectal cancer. JAMA Oncol. 2019;5(8):1124-1131. https://doi.org/10.1001/jamaoncol.2019.0528
  47. Kotani D, Oki E, Nakamura Y, Yukami H, Mishima S, Bando H, Shirasu H, Yamazaki K, Watanabe J, Kotaka M, et al. Molecular residual disease and efficacy of adjuvant chemotherapy in patients with colorectal cancer. Nat Med. 2023;29(1):127-134.  https://doi.org/10.1038/s41591-022-02115-4
  48. Nader-Marta G, Monteforte M, Agostinetto E, Cinquini M, Martins-Branco D, Langouo M, Llombart-Cusac A, Cortés J, Ignatiadis M, Torri V, et al. Circulating tumor DNA for predicting recurrence in patients with operable breast cancer: a systematic review and meta-analysis. ESMO Open. 2024;9(3):102390. https://doi.org/10.1016/j.esmoop.2024.102390

Подтверждение e-mail

На test@yandex.ru отправлено письмо со ссылкой для подтверждения e-mail. Перейдите по ссылке из письма, чтобы завершить регистрацию на сайте.

Подтверждение e-mail

Мы используем файлы cооkies для улучшения работы сайта. Оставаясь на нашем сайте, вы соглашаетесь с условиями использования файлов cооkies. Чтобы ознакомиться с нашими Положениями о конфиденциальности и об использовании файлов cookie, нажмите здесь.