Экспрессия циркулирующих микроРНК в плазме у пациентов с акромегалией

Авторы:
  • А. С. Луценко
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
  • Ж. Е. Белая
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
  • Е. Г. Пржиялковская
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
  • А. Г. Никитин
    Научно-исследовательский институт пульмонологии, Москва, Россия
  • Ф. А. Кошкин
    Медико-генетический центр «Геномед», Москва, Россия.
  • А. М. Лапшина
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
  • П. М. Хандаева
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
  • Г. А. Мельниченко
    Национальный медицинский исследовательский центр эндокринологии, Москва, Россия
Журнал: Проблемы эндокринологии (архив до 2020 г.). 2019;65(5): 311-318
Просмотрено: 665 Скачано: 15

Обоснование

Акромегалия (АМ) – эндокринное заболевание, причиной которого является избыточная продукция соматотропного гормона (СТГ). В подавляющем большинстве случаев источником гиперсекреции СТГ является аденома гипофиза. Распространенность А.М., по разным оценкам, составляет около 28–137 случаев на 1 млн населения [1]. Заболевание характеризуется длительным и в большинстве случаев малосимптомным течением, что способствует развитию осложнений со стороны органов и систем, росту аденомы гипофиза и увеличению смертности [2]. Методом первой линии в лечении АМ является оперативное вмешательство: транссфеноидальная аденомэктомия. Частота ремиссий после операции зависит от размера образования и от его анатомического расположения. В случае неэффективности хирургического лечения возможно проведение повторной операции или назначение медикаментозной терапии.

Существует несколько классов препаратов для медикаментозного лечения АМ: агонисты рецепторов дофамина, аналоги соматостатина, антагонисты рецептора СТГ [3]. К основным нерешенным проблемам медикаментозного лечения относятся высокая стоимость препаратов, а также сложность в определении категорий пациентов, которые будут чувствительны к такому лечению [4]. Данные проблемы диктуют необходимость поиска новых биомаркеров активности заболевания и предикторов ответа на консервативную терапию.

МикроРНК – класс малых некодирующих молекул РНК, участвующих в посттранскрипционной регуляции экспрессии генов. В настоящее время микроРНК активно изучаются, поскольку участвуют в патогенезе многих заболеваний. Кроме того, они определяются во всех биологических жидкостях человека в относительно стабильных концентрациях, в связи с чем их можно рассматривать в качестве потенциальных биомаркеров эндокринных заболеваний [5].

Изменения экспрессии микроРНК в аденомах гипофиза – предмет интереса и активного изучения в научном сообществе. Со времен первой публикации A. Bottoni и соавт. [6], которые обнаружили снижение экспрессии miR-15a и miR-16−1 в аденомах по сравнению с нормальной тканью гипофиза, было проведено большое количество исследований, в которых соматотропиномы сравнивались с аденомами, секретирующими другие тропные гормоны, и с гормонально-неактивными аденомами. Также анализировались различия тканевой экспрессии микроРНК в зависимости от размера соматотропином, их агрессивности, гистотипа, экспрессии рецепторов соматостатина и чувствительности к лечению аналогами соматостатина. Стоит отметить, что, несмотря на полученные различия, согласованные изменения в различных публикациях достаточно редки [7]. В циркуляции микроРНК анализировались как маркеры костного метаболизма у пациентов с активной акромегалией [8] и на фоне ремиссии акромегалии [9]. В обоих исследованиях изучалось содержание предварительно выбранного списка микроРНК методом количественной полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией. Также экспрессия микроРНК исследовалась в образцах костной ткани при акромегалии [10].

Существуют различные способы оценки экспрессии циркулирующих микроРНК. В настоящее время основными являются Nothern blotting, полимеразная цепная реакция (ПЦР), количественная ПЦР с обратной транскрипцией (qRT-PCR), микроРНК-микрочипы и высокопроизводительное секвенирование (или next-generation sequencing, NGS). Для нашего исследования мы выбрали метод высокопроизводительного секвенирования. Достоинствами данного метода являются большая пропускная способность, низкие требования к количеству РНК для анализа, возможность получения корректных и качественных данных при более широком диапазоне определения микроРНК, а также обнаружения изомеров микроРНК (isomiR) и новых микроРНК. К недостаткам данного метода относятся высокая стоимость и необходимость многокомпонентного биоинформатического анализа получаемых данных. Кроме того, данные, полученные при помощи NGS, необходимо подтверждать дополнительным методом оценки экспрессии, в качестве которого наиболее часто используется qRT-PCR [8].

Определить циркулирующие микроРНК, различно экспрессирующиеся у пациентов с акромегалией по сравнению со здоровым контролем.

Методы

Дизайн исследования

Проведено одноцентровое, одномоментное, выборочное исследование случай-контроль.

Критерии соответствия

Критерии включения: активная стадия АМ, подтвержденная типичными клиническими проявлениями, повышением ИРФ-1 (согласно возрастному референсному диапазону) и отсутствием подавления секреции СТГ до концентрации <1,0 нг/мл в ходе перорального глюкозотолератного теста (ПГТТ).

Критерии исключения: прием аналогов соматостатина в анамнезе или на момент включения в исследования; лучевая терапия в анамнезе; акромегалия вследствие генетических синдромов.

В качестве контрольной группы выбраны здоровые добровольцы без клинических проявлений эндокринных заболеваний.

Условия проведения

Набор пациентов и забор биологического материала проводились на базе отделения нейроэндокринологии и остеопатий ФГБУ «НМИЦ эндокринологии» Минздрава России. Выделение микроРНК и биоинформатический анализ результатов секвенирования проводились на базе ФГБУ «НИИпульмонологии» ФМБА России. Высокопроизводительное секвенирование проводилось на базе лаборатории «Геномед».

Продолжительность исследования

Набор пациентов и материала для биобанка проведен в период с декабря 2016 г. по декабрь 2017 г.

Описание медицинского вмешательства

Пациентам проводился забор цельной крови утром натощак. В течение 30 мин после забора крови образцы цельной крови однократно центрифугировались (лабораторная центрифуга Eppendorf 5810R с комплектом роторов (А-4−81, Ф-4−81-MTP/Flex, FA-45−30−11 и F-45−48-PCR) при температуре +5 °С на скорости вращения 3000 об/мин в течение 20 мин. Далее образцы плазмы раскапывались в криопробирки, замораживались и хранились при температуре –80 °C.

Основной исход исследования

В качестве конечных точек исследования фиксировали показатели экспрессии циркулирующих микроРНК.

Анализ в подгруппах

Сравнение показателей проведено между двумя основными группами – пациентов с акромегалией и здоровыми добровольцами. Разделение на подгруппы не проводилось.

Методы регистрации исходов

Выделение микроРНК из 200 мкл плазмы проводили с помощью miRNeasy Serum/Plasma Kit («Qiagen», Германия) согласно инструкции компании-производителя, на автоматической станции QIAcube («Qiagen», Германия). Для предотвращения деградации в выделенную РНК добавляли 1 ед. RiboLock RNase Inhibitor («Thermo Fisher Scientific», США) на 1 мкл раствора нуклеиновых кислот. Концентрацию суммарной РНК в водном растворе оценивали на спектрофотометре NanoVue Plus («GE Healthcare», Великобритания).

Полногеномный анализ экспрессии микроРНК был выполнен на высокопроизводительном секвенаторе NextSeq с помощью TruSeq Small RNA Library Prep Kit. Биоинформатический анализ выполнялся с помощью программного обеспечения atropos (удаление адаптеров), STAR (выравнивание), FastQC (контроль качества), seqbuster/seqcluster/miRge2 (аннотация микроРНК, поиск isomiR, поиск новых микроРНК, анализ экспрессии).

Концентрацию ИФР-1 измеряли с помощью иммунохемилюминесценции (Liaison). Возрастные референсные диапазоны:

– 18–20 лет: 127–584 нг/мл;

– 21–25 лет: 116–358 нг/мл;

– 26–30 лет: 117–329 нг/мл;

– 31–35 лет: 115–307 нг/мл;

– 36–40 лет: 109–284 нг/мл;

– 41–45 лет: 101–267 нг/мл;

– 46–50 лет: 94–252 нг/мл;

– 51–55 лет: 87–238 нг/мл;

– 56–60 лет: 81–225 нг/мл;

– 61–65 лет: 75–212 нг/мл.

Этическая экспертиза

Исследование одобрено локальным этическим комитетом при ФГБУ «Эндокринологический научный центр» Минздрава России. Протокол заседания № 20 от 14 декабря 2016 г.

Статистический анализ

Размер выборки предварительно не рассчитывался ввиду редкости заболевания и пилотного характера исследования. Сравнение описательных параметров пациентов с АМ и группы контроля с использованием непарных двусторонних t-тестов. Для сравнения качественных параметров двух независимых групп использован точный критерий Фишера. Значение p<0,05 считалось статистически достоверным. Вся аналитическая статистика выполнена с использованием базового пакета «stats».

Биоинформатический анализ данных секвенирования выполнен при помощи пакета DESeq2. Поправка на множественную проверку гипотез выполнена методом Бенджамини–Хохберга [9].

Результаты

Объекты (участники) исследования

В исследование включены 12 пациентов с АМ и 12 здоровых добровольцев. Исходные характеристики участников исследования представлены в табл. 1.

Таблица 1. Сравнительная характеристика участников исследования

Основные результаты исследования

По результатам биоинформатического анализа выявлены четыре микроРНК, экспрессия которых снижена в плазме крови у пациентов с АМ по сравнению со здоровыми добровольцами: miR-4446−3p, miR-215−5p, miR-342−5p и miR-191−5p (табл. 2).

Таблица 2. МикроРНК, различно экспрессирующиеся в плазме крови пациентов с акромегалией по сравнению со здоровыми добровольцами
Однако после поправки на множественную проверку гипотез экспрессия представленных микроРНК не достигла достоверных различий.

Нежелательные явления

В ходе исследования нежелательные явления не фиксировались.

Обсуждение

Резюме основного результата исследования

В представленном исследовании впервые проведен анализ экспрессии циркулирующих микроРНК плазмы крови у пациентов с АМ методом высокопроизводительного секвенирования. Полученные данные позволяют установить гипотезу о том, что miR-4446−3p, miR-215−5p и miR-342−5p, miR-191−5p различно экспрессируются у пациентов с АМ по сравнению со здоровым контролем.

Обсуждение основного результата исследования

Настоящее исследование является первой работой по оценке профиля экспрессии микроРНК в периферической крови пациентов с активной АМ методом высокопроизводительного секвенирования. Ранее методом qRT-PCR был проведен анализ экспрессии микроРНК, которые предположительно участвуют в регуляции костного метаболизма [8–10]. Так, в исследовании Т.А. Гребенниковой и соавт. [10], было обнаружено снижение экспрессии miR-100−5p, miR-550a-5p, miR-7b-5p, miR-96−5p в плазме крови у пациентов с активной АМ по сравнению со здоровым контролем. Однако авторам этого исследования не удалось выявить связей между экспрессией микроРНК в костной ткани и плазме у пациентов с АМ [8,10]. Эти микроРНК не отличались у пациентов с АМ и здорового контроля и в нашем исследовании, возможно, из-за снижения чувствительности при анализе большого количества микроРНК. E. Valassi и соавт. [11] изучали экспрессию циркулирующих микроРНК сыворотки, предположительно участвующих в метаболизме кости, у пациентов с компенсированной АМ по сравнению со здоровым контролем. Обнаружены различия в экспрессии miR-103a-3p, miR-191−5p, miR-660−5p, при этом изменения в экспрессии коррелировали с показателями минерально-костного обмена и МПК, что позволяет предположить участие микроРНК в патогенезе костных нарушений и возможность их использования в качестве биомаркеров. Интересно, что miR-191−5p была понижена в плазме пациентов с активной АМ в нашем исследовании, но стала повышенной у пациентов с ремиссией АМ [9]. Возможно, изменения в экспрессии данной микроРНК отражают активность заболевания. Мы не обнаружили различий по miR-103a-3p и miR-660−5p.

На момент подачи рукописи нам не удалось найти данных по измененной экспрессии miR-4446−3p, miR-215−5p, miR-342−5p и miR-191−5p в аденомах гипофиза [12]. Вместе с тем, согласно данным литературы [13], экспрессия miR-4446−3p повышена в сыворотке при раке молочной железы. Кроме того, B. Kim и соавт. [14] отметили повышение экспрессии miR-4446−3p после компрессии клеток из линии агрессивного низкодифференцированного рака молочной железы – MDA-MB-231. В исследовании J. Wang и соавт. [15] отмечено снижение экспрессии miR-4446−3p в сыворотке у пациентов с резистентной к лечению эпилепсией по сравнению с пациентами, чувствительными к терапии. Экспрессия miR-215−5p повышена в сыворотке пациентов с остеосаркомой по сравнению со здоровым контролем [16]. По данным Vychytilova-Faltejskova P. и соавт. [17], экспрессия miR-215−5p повышена в тканях опухоли при колоректальном раке, а ее экспериментально подтвержденными мишенями являются различные звенья EGFR – каноничного сигнального пути патогенеза колоректального рака.

Экспрессия miR-342−5p повышена в периферических мононуклеарных клетках у пациентов с ишемической болезнью сердца по сравнению со здоровым контролем, кроме того, отмечена прямая корреляция с воспалительными цитокинами. Авторы делают вывод о регулирующей роли miR-342−5p в процессах атеросклероза и секреции цитокинов, хотя необходимо больше исследований в данном направлении [18]. Также экспериментально подтверджено, что miR-342−5p является многофункциональным репрессором ангиогенеза в эндотелиоцитах [19]. Согласно исследованию на клеточных линиях колоректального рака SW480 и SW620, мишенью miR-342−5p в этих клетках является мРНК гена N-a-acetyltransferase 10 protein (NAA10). Подавляя его, miR-342−5p осуществляет репрессию туморогенеза. Нарушения регуляции данного гена ассоциированы с различными онкологическими заболеваниями у человека, включая колоректальный рак. Данные результаты были подтверждены исследованиями в тканях при колоректальном раке у человека: обнаружена обратная корреляция между экспрессией miR-342−5p и NAA10 [20].

По данным Rosignolo F. и соавт., экспрессия miR-191−5p повышена в сыворотке у пациентов с папиллярным раком щитовидной железы по сравнению со здоровым контролем [21]. MiR-191−5p является одним из компонентов панели из семи микроРНК плазмы, которые позволяют отличить пациентов с болезнью Альцгеймера от здоровых с точностью более 95%: между группами экспрессия каждой микроРНК панели отличается более чем в 2 раза [22]. Повышение экспрессии miR-191−5p в клеточных линиях рака молочной железы MCF7 и ZR-75 приводит к ингибированию апоптоза, прямой мишенью miR-191−5p является SOX4. [23] Экспрессия miR-191−5p повышена в сыворотке при рассеянном склерозе по сравнению со здоровыми добровольцами [24]. Также экспрессия данной микроРНК повышена в периферических мононуклеарных клетках при синдроме дефицита внимания по сравнению со здоровыми добровольцами [25].

Прямое действие микроРНК на мишени сложно определить, так как каждая микроРНК может большое количество мишеней. Существуют биоинформатические базы данных, в которых содержится информация о предполагаемых взаимодействиях между микроРНК и мРНК-мишенями на основе их комплементарности – TargetScan [26], miRanda [27], DIANA-microT [28], PicTAR [29] и др. Мы провели поиск взаимодействий выявленных микроРНК при помощи TargetScan. Результаты оцениваются согласно индексу cumulative weighted context++ score, отражающему вклад 14 показателей вероятности связывания – значения в диапазоне от 1 до –3. Чем меньше значение – тем больше вероятность взаимодействия [30].

Результаты поиска в базе TargetScan представлены в табл. 3.

Таблица 3. Некоторые мишени микроРНК, представленные в базе TargetScan
Семейство транскрипционных факторов SOX – белки, играющие ключевую роль в развитии органов и систем человека [31], в том числе в эмбриональном развитии гипофиза [32]. Сигнальный путь NOTCH регулирует процессы эмбриогенеза и поддержания гомеостаза тканей и органов человека, его влияние на внутриклеточные сигнальные пути определяет судьбу клетки [33]. Описаны различия в экспрессии компонентов данного сигнального пути в аденомах гипофиза различных гистотипов [34]. PRKAR1A является геном-супрессором опухолевого роста, кодирующим 1-α регуляторную субъединицу цАМФ зависимой протеинкиназы A. Существует взаимосвязь между мутациями в гене PRKAR1A и возникновением Карни-комплекса – заболеванием, характеризующимся возникновением миксом сердца, кожи и других тканей, а также новообразований гипофиза, щитовидной железы, надпочечников и других эндокринных органов. Мутация PRKAR1A обнаруживается приблизительно у 70% пациентов с Карни-комплексом [35]. Уровень экспрессии рецепторов соматостатина 2-го и 5-го подтипов является предиктором чувствительности к аналогам соматостатина первого поколения [36].

Указанные взаимодействия необходимо подтвердить экспериментально, поскольку для того, чтобы взаимодействие между микроРНК и мишенью состоялось, необходимо чтобы они находились в одной клетке в одно и то же время. Кроме того, уровень экспрессии должен быть достаточным для репрессии трансляции [37]. По данным литературы, из представленных взаимодействий экспериментально подтверждались miR-215−5p и PRKAR1A [38], а также miR-4446−3p и NOTCH2 [39].

Исходя из анализа данных литературы, одна и та же микроРНК может участвовать в различных физиологических и патологических процессах. Определение одних и тех же микроРНК в качестве биомаркеров различных заболеваний поднимает вопрос специфичности данных изменений. Представляется перспективным исследование нескольких микроРНК в качестве диагностической панели, что позволит повысить специфичность метода.

Ограничения исследования

Ограничениями представленного исследования являются малый размер выборки и отсутствие валидизации полученных результатов другим методом оценки экспрессии циркулирующих микроРНК. Исследование большого количества микроРНК методом высокопроизводительного секвенирования зачастую не позволяет достичь статистически достоверного результата с применением поправки на множественные сравнения, поэтому результат необходимо подтверждать проведением других методов анализа, в частности, qRT-PCR, при этом в литературе встречаются публикации, в которых NGS использовался как единственный метод оценки экспрессии [40–42]. По результатам представленного исследования установлена гипотеза о различиях в экспрессии циркулирующих микроРНК между представленными группами.

Заключение

В представленном исследовании впервые использован метод высокопроизводительного секвенирования для оценки экспрессии микроРНК плазмы у пациентов с А.М. Выявлено снижение экспрессии miR-4446−3p, miR-215−5p и miR-342−5p, miR-191−5p – микроРНК, которые связаны с патогенезом различных онкологических заболеваний: колоректального рака, рака молочной железы и папиллярного рака щитовидной железы, что представляет интерес для дальнейших исследований, учитывая повышенный риск онкологических заболеваний при АМ.

Нам не удалось подтвердить полученные ранее данные по измененной экспрессии микроРНК, участвующих в минерально-костном обмене, что может быть связано с различиями в исходном материале (сыворотка или плазма), с малым размером выборки в представленном исследовании или иными факторами. Учитывая отсутствие достоверности по вышеуказанным изменениям при применении поправки на множественность сравнений, необходимо проведение дальнейших исследований на большей выборке с использованием валидизирующего метода. При выявлении достоверных различий перспектива научного применения заключается в изучении прогностической ценности циркулирующих микроРНК в отношении активности АМ, послеоперационного прогноза и чувствительности к консервативному лечению.

Дополнительная информация

Источник финансирования. Исследование проведено при поддержке Российского научного фонда (проект № 19−15−00398).

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.

Участие авторов: Ж.Е. Белая, Г.А. Мельниченко, А.С. Луценко – концепция и научное руководство исследования; А.С. Луценко, П.М. Хандаева – сбор материала; А.Г. Никитин, Ф.А. Кошкин – выделение РНК и анализ экспрессии микроРНК; А.Г. Никитин, А.С. Луценко – статистическая обработка данных; А.С. Луценко – написание основного текста рукописи; Ж.Е. Белая, Е.Г. Пржиялковская, А.Г. Никитин, Г.А. Мельниченко, А.М. Лапшина – редактирование текста рукописи. Все авторы внесли значимый вклад в проведение исследования и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию статьи перед публикацией.

Сведения об авторах

*Луценко Александр Сергеевич [Alexander S. Lutsenko, MD]; адрес: Россия, 117036, Москва. ул. Дмитрия Ульянова, д. 11 [address: 11 Dmitriya Ulyanova street, 117036 Moscow, Russia]; ORCID: http://orcid.org/0000-0002-9314-7831; eLibrary SPIN: 4037-1030; e-mail: some91@mail.ru

Белая Жанна Евгеньевна, д.м.н. [Zhanna E. Belaya, MD, PhD]; https://orcid.org/0000-0002-6674-6441; eLibrary SPIN: 4746-7173; e-mail: jannabelaya@gmail.com

Пржиялковская Елена Георгиевна, к.м.н. [Elena G. Przhiyalkovskaya, MD, PhD] ORCID: http://orcid.org/0000-0001-9119-2447; eLibrary SPIN: 9309-3256; e-mail: przhiyalkovskaya.elena@gmail.com

Никитин Алексей Георгиевич, к.б.н. [Alexey G. Nikitin, PhD]; ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9762-3383; eLibrary SPIN: 3367-0680; e-mail: avialn@gmail.com

Кошкин Филипп Александрович, к.б.н. [Philipp A. Koshkin, PhD]; ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9512-9277; eLibrary SPIN: 5627-2121; e-mail: philipkoshkin@gmail.com

Лапшина Анастасия Михайловна, к.м.н. [Anastasia M. Lapshina, MD, PhD]; ORCID: http://orcid.org/0000-0003-4353-6705; eLibrary SPIN: 1582-5033; e-mail: nottoforget@yandex.ru

Хандаева Патимат Магомедовна [Patimat M. Khandaeva, MD]; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6993-5096; eLibrary SPIN: 6950-5200; e-mail: pati_khandaeva@mail.ru

Мельниченко Галина Афанасьевна, д.м.н., профессор, академик РАН [Galina A. Melnichenko, MD, PhD, professor];

КАК ЦИТИРОВАТЬ:

Луценко А.С., Белая Ж.Е., Пржиялковская Е.Г., Никитин А.Г., Кошкин Ф.А., Лапшина А.М., Хандаева П.М., Мельниченко Г.А. Экспрессия циркулирующих микроРНК в плазме у пациентов с акромегалией. // Проблемы эндокринологии. – 2019. – Т. 66. – №5. – С. 311-318. https://doi.org/10.14341/probl10263

Список литературы:

  1. Lavrentaki A, Paluzzi A, Wass JA, Karavitaki N. Epidemiology of acromegaly: review of population studies. Pituitary. 2017;20(1):4-9. https://doi.org/10.1007/s11102-016-0754-x
  2. Pivonello R, Auriemma RS, Grasso LF, et al. Complications of acromegaly: cardiovascular, respiratory and metabolic comorbidities. Pituitary. 2017;20(1):46-62. https://doi.org/10.1007/s11102-017-0797-7
  3. Melmed S, Bronstein MD, Chanson P, et al. A consensus statement on acromegaly therapeutic outcomes. Nat Rev Endocrinol. 2018;14(9):552-561 https://doi.org/10.1038/s41574-018-0058-5.
  4. Sherlock M, Woods C, Sheppard MC. Medical therapy in acromegaly. Nat Rev Endocrinol. 2011;7(5):291300. https://doi.org/10.1038/nrendo.2011.42
  5. Sohel MH. Extracellular/circulating microRNAs: release mechanisms, functions and challenges. Achiev Life Sci. 2016;10(2):175-186. https://doi.org/10.1016/j.als.2016.11.007
  6. Bottoni A, Piccin D, Tagliati F, et al. miR-15a and miR-16-1 down-regulation in pituitary adenomas. J Cell Physiol. 2005;204(1):280-285. https://doi.org/10.1002/jcp.20282
  7. Луценко А.С., Белая Ж.Е., Пржиялковская Е.Г., Мельниченко Г.А. МикроРНК и их значение в патогенезе СТГ-продуцирующих аденом гипофиза // Вестник РАМН. – 2017. – Т.72. – №4. – С. 290–298. https://doi.org/10.15690/vramn856
  8. Pritchard CC, Cheng HH, Tewari M. MicroRNA profiling: approaches and considerations. Nat Rev Genet. 2012;13(5):358-369. https://doi.org/10.1038/nrg3198
  9. Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550. https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8.
  10. Гребенникова Т.А., Белая Ж.Е., Никитин А.Г., и др. Экспрессия микроРНК, регулирующих костное ремоделирование, в плазме крови у пациентов с акромегалией // Ожирение и метаболизм. – 2017 – Т.14 – №3. – С. 32-37. https://doi.org/10.14341/omet2017332-37
  11. Valassi E, García-Giralt N, Malouf J, et al. Circulating miR-103a-3p and miR-660-5p are associated with bone parameters in patients with controlled acromegaly. Endocr Connect. 2019;8(1):39-49. https://doi.org/10.1530/EC-18-0482
  12. Feng Y, Mao Z, Wang X, et al. MicroRNAs and target genes in pituitary adenomas. Horm Metab Res. 2018;50(3):179-192. https://doi.org/10.1055/s-0043-123763
  13. Farina NH, Ramsey JE, Cuke ME, et al. Development of a predictive miRNA signature for breast cancer risk among high-risk women. Oncotarget. 2017;8(68):112170-112183. https://doi.org/10.18632/oncotarget.22750
  14. Kim BG, Kang S, Han HH, et al. Transcriptome-wide analysis of compression-induced microRNA expression alteration in breast cancer for mining therapeutic targets. Oncotarget. 2016;7(19):27468-27478. https://doi.org/10.18632/oncotarget.8322
  15. Wang J, Tan L, Tan L, et al. Circulating microRNAs are promising novel biomarkers for drug-resistant epilepsy. Sci Rep. 2015;5:10201. https://doi.org/10.1038/srep10201
  16. Monterde-Cruz L, Ramírez-Salazar EG, Rico-Martínez G, et al. Circulating miR-215-5p and miR-642a-5p as potential biomarker for diagnosis of osteosarcoma in Mexican population. Hum Cell. 2018;31(4):292-299. https://doi.org/10.1007/s13577-018-0214-1
  17. Vychytilova-Faltejskova P, Merhautova J, Machackova T, et al. MiR-215-5p is a tumor suppressor in colorectal cancer targeting EGFR ligand epiregulin and its transcriptional inducer HOXB9. Oncogenesis. 2017;6(11):399. https://doi.org/10.1038/s41389-017-0006-6
  18. Ahmadi R, Heidarian E, Fadaei R, et al. miR-342-5p expression levels in coronary artery disease patients and its association with inflammatory cytokines. Clin Lab. 2018;64(4):603-609. https://doi.org/10.7754/Clin.Lab.2017.171208.
  19. Yan X, Cao J, Liang L, et al. miR-342-5p is a notch downstream molecule and regulates multiple angiogenic pathways including notch, vascular endothelial growth factor and transforming growth factor β signaling. J Am Heart Assoc. 2016;5(2). pii: e003042. https://doi.org/10.1161/JAHA.115.003042
  20. Yang H, Li Q, Niu J, et al. MicroRNA-342-5p and miR-608 inhibit colon cancer tumorigenesis by targeting NAA10. Oncotarget. 2016;7(3):2709-2720. https://doi.org/10.18632/oncotarget.6458
  21. Rosignolo F, Sponziello M, Giacomelli L, et al. Identification of thyroid-associated serum microrna profiles and their potential use in thyroid cancer follow-up. J Endocr Soc. 2017;1(1):3-13. https://doi.org/10.1210/js.2016-1032
  22. Kumar P, Dezso Z, MacKenzie C, et al. Circulating miRNA biomarkers for Alzheimer’s disease. PLoS One. 2013;8(7):e69807. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0069807
  23. Sharma S, Nagpal N, Ghosh PC, Kulshreshtha R. P53-miR-191-SOX4 regulatory loop affects apoptosis in breast cancer. RNA. 2017;23(8):1237-1246. https://doi.org/10.1261/rna.060657.117
  24. Vistbakka J, Sumelahti ML, Lehtimäki T, et al. Evaluation of serum miR-191-5p, miR-24-3p, miR-128-3p, and miR-376c-3 in multiple sclerosis patients. Acta Neurol Scand. 2018;138(2):130-136. https://doi.org/10.1111/ane.12921
  25. Sánchez-Mora C, Soler Artigas M, Garcia-Martínez I, et al. Epigenetic signature for attention-deficit/hyperactivity disorder: identification of miR-26b-5p, miR-185-5p, and miR-191-5p as potential biomarkers in peripheral blood mononuclear cells. Neuropsychopharmacology. 2019;44(5):890-897. https://doi.org/10.1038/s41386-018-0297-0
  26. Nam JW, Rissland OS, Koppstein D, et al. Global analyses of the effect of different cellular contexts on microRNA targeting. Mol Cell. 2014;53(6):1031-1043. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.02.013
  27. Betel D, Koppal A, Agius P, et al. Comprehensive modeling of microRNA targets predicts functional non-conserved and non-canonical sites. Genome Biol. 2010;11(8):R90. https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r90.
  28. Reczko M, Maragkakis M, Alexiou P, et al. Functional microRNA targets in protein coding sequences. Bioinformatics. 2012;28(6):771-776. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts043
  29. Krek A, Grün D, Poy MN, et al. Combinatorial microRNA target predictions. Nat Genet. 2005;37(5):495-500. https://doi.org/10.1038/ng1536
  30. Riffo-Campos Á, Riquelme I, Brebi-Mieville P. Tools for sequence-based miRNA target prediction: what to choose? Int J Mol Sci. 2016;17(12). pii: E1987. https://doi.org/10.3390/ijms17121987
  31. Alatzoglou KS, Kelberman D, Dattani MT. The role of SOX proteins in normal pituitary development. J Endocrinol. 2009;200(3):245-258. https://doi.org/10.1677/JOE-08-0447
  32. Ma Y, Qi X, Du J, et al. Identification of candidate genes for human pituitary development by EST analysis. BMC Genomics. 2009; 10(1):109. https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-109
  33. Новикова М.В., Рыбко В.А., Хромова Н.В., и др. Роль белков Notch в процессах канцерогенеза // Успехи молекулярной онкологии. – 2015. – Т.2. – №3. – С. 30–42. https://doi.org/10.17650/2313-805X-2015-2-3-30-42
  34. Perrone S, Zubeldia-Brenner L, Gazza E, et al. Notch system is differentially expressed and activated in pituitary adenomas of distinct histotype, tumor cell lines and normal pituitaries. Oncotarget. 2017;8(34):57072−57088. https://doi.org/10.18632/oncotarget.19046
  35. Liu Q, Tong D, Liu G, et al. Carney complex with PRKAR1A gene mutation. Medicine (Baltimore). 2017;96(50):e8999. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000008999
  36. Ezzat S, Caspar-Bell GM, Chik CL, et al. Predictive markers for postsurgical medical management of acromegaly: a systematic review and consensus treatment guideline. Endocr Pract. 2019;25(4):379-393. https://doi.org/10.4158/EP-2018-0500
  37. Agarwal V, Bell GW, Nam J-W, Bartel DP. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs. Elife. 2015;4. https://doi.org/10.7554/eLife.05005
  38. Kameswaran V, Bramswig NC, McKenna LB, et al. Epigenetic regulation of the DLK1-MEG3 microRNA cluster in human type 2 diabetic islets. Cell Metab. 2014;19(1):135-145. https://doi.org/10.1016/j.cmet.2013.11.016
  39. Gottwein E, Corcoran DL, Mukherjee N, et al. Viral microRNA targetome of KSHV-infected primary effusion lymphoma cell lines. Cell Host Microbe. 2011;10(5):515-526. https://doi.org/10.1016/j.chom.2011.09.012
  40. Yang Q, Lu J, Wang S, et al. Application of next-generation sequencing technology to profile the circulating microRNAs in the serum of preeclampsia versus normal pregnant women. Clin Chim Acta. 2011;412(23−24):2167-2173. https://doi.org/10.1016/j.cca.2011.07.029
  41. Suzuki M, Konno S, Makita H, et al. Altered circulating exosomal RNA profiles detected by next-generation sequencing in patients with severe asthma. Eur Res J. 2016;48:PA3410. https://doi.org/10.1183/13993003.congress-2016.PA3410
  42. Van Laar R, Leigh K, Zielinski A, et al. Small RNA next generation sequencing (NGS) of CD138+ plasma cells from multiple myeloma patients and comparison to the 70-gene mRNA-based prognostic risk score. Blood. 2016;128(22):2089. https://doi.org/10.1182/blood.v128.22.2089.2089