В статье определены возможные требования к саморегулированию (самоорганизации) медицинской организации, реализующей региональные проекты за счет представления ее статической, динамической и функциональной моделей прототипов во взаимодействии с физическим представлением о системе. Авторами предложен теоретико-множественный подход, который позволяет исследовать специально созданные модели прототипов процессов медицинской организации, находящиеся в объективном соответствии с фактической моделью, реализующей региональные проекты. Формализованные процессы моделей прототипов медицинской организации (статической, динамической, функциональной), классифицированы, изучены и визуализированы. Определены роли объектов обратной связи для нахождения физической модели реализации прототипа, включающей данные (статическая модель), упорядочение (динамическая модель) и методы (функциональная модель), и проработки различных сценариев поведения системы, ее работоспособности в вариативных условиях проекта. Прототипы проектов выбраны в качестве структурных представлений системы проекта и являются способом данного выражения. Самоорганизация (саморегулирование) проявляется в способности сложных систем выходить на новый уровень развития, противостоять «энтропии» и реализовывать «негэнтропные» тенденции, адаптироваться к внешним факторам, трансформируя свою структуру и сохраняя при этом определенную устойчивость. Реализация региональных проектов позволит приобрести необходимые компетенции и на действующих объектах медицинской организации обрабатывать результаты с использованием цифровых технологий. Использование теоретико-множественного представления оптимизирует понимание поставленной задачи и позволяет обнаружить реальные ограничения, связанные с инструментарием или подходом. Создание прототипов — надежный продукт управления, позволяющий выбрать оптимальное из нескольких конкурирующих решений.