Creation of system to evaluate the effectiveness of DNA base editors and its evolution

Aliev T.I.; Prudnikova E.Yu.; Imatdinov A.R.; Imatdinov I.R.

doi:https://doi.org/10.17116/molgen20254304134

Алиев Т.И.

Новосибирский государственный университет;
ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзора)

ORCID: 0009-0000-0737-9859

Прудникова Е.Ю.

ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзора)

ORCID: 0000-0002-7983-5312

Иматдинов А.Р.

ORCID: 0000-0003-2889-6112

Иматдинов И.Р.

ORCID: 0000-0002-6927-7580

Создание системы для оценки эффективности действия редакторов оснований ДНК и их эволюции

Авторы:

Алиев Т.И., Прудникова Е.Ю., Иматдинов А.Р., Иматдинов И.Р.

Подробнее об авторах

Журнал: Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2025;43(4): 34‑38

DOI: 10.17116/molgen20254304134

Прочитано: 134 раза

Связаться с автором

Оглавление

Как цитировать:

Алиев Т.И., Прудникова Е.Ю., Иматдинов А.Р., Иматдинов И.Р. Создание системы для оценки эффективности действия редакторов оснований ДНК и их эволюции. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2025;43(4):34‑38.
Aliev TI, Prudnikova EYu, Imatdinov AR, Imatdinov IR. Creation of system to evaluate the effectiveness of DNA base editors and its evolution. Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2025;43(4):34‑38. (In Russ.)
https://doi.org/10.17116/molgen20254304134

Подписка 2026 Молекулярная генетика, микробиология и вирусология (Molecular Genetics, Microbiology and Virology)

Использование инфографики авторами научных работ

Рекомендуем статьи по данной теме:

Особенности субпопуляционного состава лимфоцитов периферической крови у детей с первично выявленной нелеченой ретинобластомой. Вестник офтальмологии. 2025;(4):5-11

Возможности применения метода проточной цитометрии для оценки дисфункции эндотелия в кардиохирургии. Хирургия. Журнал им. Н.И. Пирогова. 2025;(10-2):42-47

Резюме / Abstract:

ЦЕЛЬ

В последние годы применение в области геномного редактирования находят редакторы оснований ДНК. Подобный инструмент позволяет точечно вносить изменения в геном без двуцепочечных разрывов ДНК, что снижает мутагенность. Как следствие редакторы оснований ДНК становятся популярным инструментом для генной терапии и трансгенеза клеточных линий и лабораторных животных. Разумеется, возникает необходимость не только в оценке эффективности редактирования, но и в создании новых форм редакторов оснований ДНК путем эволюции. Целью нашей работы стало создание системы для оценки эффективности действия редакторов оснований ДНК и их эволюции для получения новых форм.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В работе были применены классические методы генной инженерии. Оценку доли клеток с целевым эффектом проводили методом проточной цитометрии.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Показано, что созданная система моделирует экспрессию трансгена в зависимости от состояния его старт-кодонов. Выявлено, что ключевую роль в инициации трансляции или ее ингибировании играет редактирование именно первого старт-кодона.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

На основе разработанных систем возможна оценка эффективности редактирования первого старт-кодона гена gag ВИЧ-1 и эволюция редакторов оснований ДНК для получения новых форм.

Ключевые слова / Keywords:

редакторы оснований ДНК

ВИЧ-1

проточная цитометрия

Авторы / Authors:

Алиев Т.И.

ORCID: 0009-0000-0737-9859

Прудникова Е.Ю.

ORCID: 0000-0002-7983-5312

Иматдинов А.Р.

ORCID: 0000-0003-2889-6112

Иматдинов И.Р.

ORCID: 0000-0002-6927-7580

Дата поступления:

08.04.2025

Дата принятия в печать:

17.06.2025

Закрыть метаданные

Литература / References:

Wu WY, Mohanraju P, Liao C, et al. The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription. Mol Cell. 2022;82(23):4487-4502.e7. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2022.11.003
Brezgin S, Kostyusheva A, Kostyushev D, Chulanov V. Dead Cas Systems: Types, Principles, and Applications. Int J Mol Sci. 2019;20(23):6041. https://doi.org/10.3390/ijms20236041
Knipping F, Newby GA, Eide CR, et al. Disruption of HIV-1 co-receptors CCR5 and CXCR4 in primary human T cells and hematopoietic stem and progenitor cells using base editing. Mol Ther. 2022;30(1):130-144. https://doi.org/10.1016/j.ymthe.2021.10.026
Smekalova EM, Martinez MG, Combe E, et al. Cytosine base editing inhibits hepatitis B virus replication and reduces HBsAg expression in vitro and in vivo. Mol Ther Nucleic Acids. 2023;35(1):102112. https://doi.org/10.1016/j.omtn.2023.102112
Mariani C, Desdouits M, Favard C, Benaroch P, Muriaux DM. Role of Gag and lipids during HIV-1 assembly in CD4(+) T cells and macrophages. Front Microbiol. 2014;5:312. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00312
Floderer C, Masson JB, Boilley E, et al. Single molecule localisation microscopy reveals how HIV-1 Gag proteins sense membrane virus assembly sites in living host CD4 T cells. Sci Rep. 2018;8(1):17426. https://doi.org/10.1038/s41598-018-34536-y
Kozak M. An analysis of 5’-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs. Nucleic Acids Res. 1987;15(20):8125-8148. https://doi.org/10.1093/nar/15.20.8125