Шигатоксин-продуцирующая бактерия Escherichia coli (STEC) является одной из ведущих причин бактериальных инфекций пищевого происхождения, а растущая антибиотикорезистентность этих штаммов требует поиска альтернативных методов борьбы.
ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ
Охарактеризовать новый бактериофаг Ec2-7 с помощью биологических и молекулярно-генетических методов, провести филогенетический анализ и оценку его антимикробной активности in vitro в отношении STEC штамма.
МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
Биологическую и геномную характеристику бактериофага проводили с использованием общепринятых методов. Секвенирование ДНК выполняли на платформе Ion Proton, биоинформатический анализ осуществляли с применением инструментов RAST, VirulenceFinder, ResFinder, алгоритма BLAST и баз данных нуклеотидных последовательностей NCBI. Филогенетический анализ проводили с использованием платформ ViPTree и VIRIDIC.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Бактериофаг Ec2-7, выделенный из сточных вод, формировал прозрачные бляшки диаметром 0,5—1 мм, обладал высокой скоростью адсорбции, коротким латентным периодом (20 мин), выходом 56±8 вирионов на клетку и устойчивостью к хлороформу. Он демонстрировал стабильность в агрессивных условиях и проявлял литическую активность в отношении STEC-штаммов. По данным полногеномного секвенирования, фаг Ec2-7 содержал двухцепочечную ДНК длиной 146 т.п.н. с содержанием G+C 38,9%. Филогенетический анализ протеома (ViPTree) позволил отнести фаг к группе Pseudomonadota, а сравнительный геномный анализ подтвердил его принадлежность к роду Phapecoctavirus. В геноме не обнаружено генов антибиотикорезистентности, вирулентности и токсинов. В экспериментах in vitro фаг Ec2-7 проявил антимикробную активность, снижая численность STEC на 99,7% в течение 6 ч после обработки.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Совокупность характеристик бактериофага Ec2-7 свидетельствовала о его потенциале для применения в фаготерапии и биоконтроле E. coli.
