ЖурналыПодпискаАрхивКнигиПроектыО насРекламаДоставка/ОплатаКонтакты
+7 (495) 482-43-29
  • Главная
  • / Журналы
  • / Вернуться в журнал
  • / Содержание номера
  • / Статья
Генетическое разнообразие сортов персика (Prunus persica (L.)) коллекции Никитского ботанического сада

Генетическое разнообразие сортов персика (Prunus persica (L.)) коллекции Никитского ботанического сада

Авторы:
Гладышева-Азгари М.В.,
Слободова Н.В.,
Цыганкова С.В.,
Булыгина Е.С.,
Смыков А.В.,
Шарко Ф.С.

Журнал: Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2025;43(4-2):150-156.

DOI: 10.17116/molgen202543042150

Прочитано: 785 раз

Резюме

ЦЕЛЬЮ ИССЛЕДОВАНИЯ

Была оценка генетического разнообразия сортов персика (Prunus persica (L.)) коллекции Никитского ботанического сада с использованием технологии ddRAD-seq для установления молекулярно-генетических паспортов и анализа связи генетической структуры с фенотипическими признаками.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ

В работе использованы листья 56 сортов персика разного происхождения. ДНК выделена по методу со СТАВ-буфером, библиотеки для секвенирования приготовили с использованием рестриктаз MspI и PstI, секвенирование проводили на платформе Illumina NovaSeq6000. Обработка данных включала выравнивание на референсный геном P. persica и фильтрацию SNP при помощи программных пакетов Stacks2, bowtie2 и R. Для оценки генетических взаимосвязей использованы методы UPGMA, PCA и DAPC.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Получено несколько тысяч SNP, позволивших выделить 14 генетических кластеров, отражающих высокое внутривидовое разнообразие коллекции. Генетическая структура частично коррелировала со сроками созревания плодов: наиболее выражено разделение ранних и позднеспелых сортов. Выделено 40 информативных SNP-маркеров, локализованных преимущественно на 1, 4 и 8 хромосомах, достаточных для идентификации всех исследованных генотипов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Метод ddRAD-секвенирования подтвердил эффективность для массового генотипирования сортов персика. Полученные результаты создают основу для разработки SNP-панели, пригодной для паспортизации сортов, контроля сортовой чистоты и оптимизации селекционных программ.

Ключевые слова

  • Prunus persica
  • генетическое разнообразие растений
  • ddRAD-секвенирование
  • однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)
  • популяционная структура растений

Дата поступления: 17.09.2025

Дата принятия в печать: 23.10.2025

Дата публикации: 08.12.2025

Литература / References
  1. Trifonova AA, Boris KV, Mesyats NV, Tsiupka VA, Smykov AV, Mitrofanova IV. Genetic diversity of peach cultivars from the collection of the nikita botanical garden based on SSR markers. Plants. 2021;10(12). https://doi.org/10.3390/plants10122609
  2. Slobodova N, Gladysheva-Azgari M, Sharko F, Petrova K, Boulygina E, Tsygankova S, et al. Genetic Diversity of the Collection of Far Eastern Actinidia spp. Revealed by RAD Sequencing Technology. Plants. 2025;14(1). https://doi.org/10.3390/plants14010007
  3. Slobodova N, Sharko F, Gladysheva-Azgari M, Petrova K, Tsiupka S, Tsiupka V, et al. Genetic Diversity of Common Olive (Olea europaea L.) Cultivars from Nikita Botanical Gardens Collection Revealed Using RAD-Seq Method. Genes (Basel). 2023;14(7). https://doi.org/10.3390/genes14071323
  4. Ksouri N, Sánchez G, Font i Forcada C, Contreras-Moreira B, Gogorcena Y. A reproducible ddRAD-seq protocol reveals novel genomic association signatures for fruit-related traits in peach. Plant Methods. 2025;21(1). https://doi.org/10.1186/s13007-025-01415-3
  5. Gladysheva-Azgari M, Sharko F, Slobodova N, Petrova K, Boulygina E, Tsygankova S, et al. Comparative Analysis Revealed Intrageneric and Intraspecific Genomic Variation in Chloroplast Genomes of Actinidia spp. (Actinidiaceae, Viridiplantae). Horticulturae. 2023;9(11). https://doi.org/10.3390/horticulturae9111175
  6. Langmead B, Salzberg SL. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Methods. 2012;9(4):357-9. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923
  7. Rochette NC, Rivera-Colón AG, Catchen JM. Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics. Mol Ecol. 2019;28(21):4737-54. https://doi.org/10.1111/mec.15253
  8. Knaus BJ, Grünwald NJ. vcfr: a package to manipulate and visualize variant call format data in R. Mol Ecol Resour. 2017;17(1):44-53. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12549
  9. Kamvar ZN, Brooks JC, Grünwald NJ. Novel R tools for analysis of genome-wide population genetic data with emphasis on clonality. Front Genet. 2015;6(JUN). https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00208
  10. Mijangos JL, Gruber B, Berry O, Pacioni C, Georges A. dartR v2: An accessible genetic analysis platform for conservation, ecology and agriculture. Methods Ecol Evol. 2022;13(10):2150-8. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13918
  11. Jombart T, Ahmed I. adegenet 1.3-1: New tools for the analysis of genome-wide SNP data. Bioinformatics. 2011;27(21):3070-1. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr521
  12. Alexander DH, Novembre J, Lange K. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Res. 2009;19(9):1655-64. https://doi.org/10.1101/gr.094052.109
  13. Micheletti D, Dettori MT, Micali S, Aramini V, Pacheco I, Da Silva Linge C, et al. Whole-genome analysis of diversity and SNP-major gene association in peach germplasm. PLoS One. 2015;10(9). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0136803
  14. Chen C, Okie WR. Population structure and phylogeny of some u.S. peach cultivars. J Am Soc Hortic Sci. 2022;147(1). https://doi.org/10.21273/JASHS05117-21
  15. Mas-Gómez J, Cantín CM, Moreno MÁ, Martínez-García PJ. Genetic Diversity and Genome-Wide Association Study of Morphological and Quality Traits in Peach Using Two Spanish Peach Germplasm Collections. Front Plant Sci. 2022;13. https://doi.org/10.3389/fpls.2022.854770
  16. Nguyen PL, Jung JK, Park JS, Sim SC. Low-density SNP marker sets for genetic variation analysis and variety identification in cultivated citrus. BMC Plant Biol. 2025;25(1). https://doi.org/10.1186/s12870-025-06153-1

Рекомендуем статьи по данной теме:

Содержание номера.Non nocere. Новый терапевтический журнал. 2026;(10):4-5

Письмо редактора.Non nocere. Новый терапевтический журнал. 2026;(10):1-1

Академику Андрею Дмитриевичу Каприну — 60.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):97-97

Диагностическая ценность биомаркеров в выявлении цервикальной неоплазии на доклинической стадии.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):92-96

Флюоресцентная визуализация в хирургии рака поджелудочной железы. (Систематический обзор).Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):87-91

Кисты надпочечников, клинически имитирующие рак (три клинических наблюдения и обзор литературы).Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):82-86

Высокодифференцированная липосаркома поджелудочной железы: морфологические особенности и опыт хирургического лечения у пациентки пожилого возраста.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):77-81

Синхронное выявление гастроинтестинальной стромальной опухоли и местно-распространенной аденокарциномы желудка с достижением полного патоморфологического ответа аденокарциномы на неоадъювантную терапию.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):73-76

Программный калькулятор оценки кардиоваскулярного риска при лучевой терапии рака молочной железы: разработка и валидация.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):67-72

Мини-инвазивные симультанные операции на легких и органах брюшной полости при вторичном опухолевом поражении.Онкология. Журнал им. П.А. Герцена. 2026;15(5):60-66

Издательство «Медиа Сфера»
РекламаДоставка/ОплатаО насКонтактыОбучение для редакцийПолитика конфиденциальностиПолитика обработки персональных данныхПубличная оферта на реализацию издательской продукции
ЖурналыПодпискаАрхивКнигиПроекты
  • RuStore

© 1998-2026

  • Телефоны издательства:

  • +7 (495) 482-41-18
  • +7 (495) 482-43-29

  • Прямой телефон отдела подписки
    (только по вопросам заказов и доставки журналов)

  • +7 (800) 250-18-12

  • пн-пт с 10:00 до 18:00

  • Telegram
  • VK
info@mediasphera.ru

  • Почтовый адрес:

  • Издательство «Медиа Сфера»,
    а/я 54, Москва, Россия, 127238

  • RuStore

© 1998-2026