Биоинформатический подбор полиморфных маркеров для изучения функций гена VAV3

ВВЕДЕНИЕ

Ген VAV3 представляет интерес для исследования его участия в патогенезе на молекулярном уровне. В базе GWAS Catalog содержится 53 исследования 44 фенотипов, в которых идентифицировали варианты однонуклеотидного полиморфизма гена VAV3 с уровнем статистической значимости p-value < 1 × 10^-05.

ЦЕЛЬ ИССЛЕДОВАНИЯ

Сформировать выборку маркерных SNP для проверки гипотез участия VAV3 в формировании фенотипических признаков у представителей русского этноса.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ

Для достижения поставленной цели использовали методы биоинформатики, применив их к генотипическим данным проекта 1000 Genomes.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Число SNP проекта 1000 Genomes (phase III), расположенных в границах гена VAV3 с отступом в 5000 п.н. с 5´ и 3´ его концов, и MAF не менее 10% равнялось 688. Объединение полиморфизмов в группы на основании расстояния между ними учитывает взаимодействие между SNP в блоке. Количество полиморфизмов, маркированных этими tagSNP, не превышало 4. Пересечение списков tagSNP, полученных двумя методами, показало tagSNP, обладающих большей эффективностью. Tagger и TAGster выявили общий маркерный SNP rs345292, маркирующий 16 сильно сцепленных SNP. Tagger и Clustag выявили rs12733154, который маркировал блоки из 39 полиморфизмов. TAGster и Clustag указали на rs71655926, маркирующий 10 полиморфизмов. Эти tagSNP расположены в интронах интересующего гена и могут быть рассмотрены в качестве кандидатов для проведения ассоциативных исследований.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Сравнительный анализ позволил определить маркерные SNP rs345292, rs12733154, и rs71655926 с числом маркированных полиморфизмов не менее 10 и подтвержденных двумя методами. Эти маркерные данные полиморфизмы могут быть использованы для изучения роли гена VAV3 в механизмах развития патологии.