Предпринят краткий анализ композиции генетического кода, сформулирован новый вариант правил, связанных с его вырожденностью, и углублена трактовка значимости дифференциации триплетов по третьему основанию в аспекте выявленного принципа ограничения кодирования генов. Последний проявляется в соседстве триплетов преимущественно с идентичными или близкими значениями индексов комплементарности, которые равны общему числу комплементарных связей триплета с узнающей его тРНК. Рассматривается «компенсаторная» роль синонимических замен для сохранения принципа ограничений кодирования генов при возникновении мутаций, приводящих к заменам аминокислот в белке. Синонимические мутации — важнейший фактор в эволюции генов, и без них описание и понимание эволюции генов не является полным, поскольку по численности синонимические мутации намного превосходят мутаций, приводящих к заменам. На основе выполненного анализа мРНК разных белков, общая длина которых превышает 100 000 кодонов, приводится перечень редко встречающихся и не выявленных в проанализированной выборке дикодонов. В них преобладают, с одной стороны, кодоны аминокислот (серин, лейцин и аргинин), кодируемых 6 кодонами, а с другой стороны, кодоны с динуклеотидом СрG. Обсуждается возможная роль комплементарных кодонов в стабилизации структуры мРНК и предложены индексы асимметричности для оценки несбалансированности в их количественном содержании в мРНК. Выявленные ограничения в кодировании мРНК рассматриваются как барьеры для рекодирования генов и геномов, широко используемого в синтетической биологии. Для избегания неудач при рекодировании генов любая модификация его структуры не должна противоречить ограничениям, установленным природой.