Results of clinical trials of a reagent kit for detection of enteroviruses with additional differentiation of enterovirus D68

Luparev A.R.; Tolokonceva A.A.; Polyakova V.A.; Davydova E.E.; Shipulin G.A.

doi:https://doi.org/10.17116/labs20251404113

Лупарев А.Р.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0001-8324-5326

Толоконцева А.А.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0002-8757-081X

Полякова В.А.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0002-2579-0665

Давыдова Е.Е.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0003-2926-0490

Шипулин Г.А.

Центр постгеномных технологий ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0002-3668-6601

Разработка и клинические испытания набора реагентов для выявления энтеровирусов с дифференциацией энтеровируса D68

Авторы:

Лупарев А.Р., Толоконцева А.А., Полякова В.А., Давыдова Е.Е., Шипулин Г.А.

Подробнее об авторах

Журнал: Лабораторная служба. 2025;14(4): 13‑19

DOI: 10.17116/labs20251404113

Прочитано: 301 раз

Связаться с автором

Оглавление

Как цитировать:

Лупарев А.Р., Толоконцева А.А., Полякова В.А., Давыдова Е.Е., Шипулин Г.А. Разработка и клинические испытания набора реагентов для выявления энтеровирусов с дифференциацией энтеровируса D68. Лабораторная служба. 2025;14(4):13‑19.
Luparev AR, Tolokonceva AA, Polyakova VA, Davydova EE, Shipulin GA. Results of clinical trials of a reagent kit for detection of enteroviruses with additional differentiation of enterovirus D68. Laboratory Service. 2025;14(4):13‑19. (In Russ.)
https://doi.org/10.17116/labs20251404113

Подписка 2025 Лабораторная служба (Laboratory Service)

Использование инфографики авторами научных работ

Резюме / Abstract:

АКТУАЛЬНОСТЬ

Энтеровирусная инфекция (ЭВИ) имеет широкий спектр клинических проявлений — от легких респираторных заболеваний до тяжелых неврологических проявлений. Особую озабоченность вызывает энтеровирус D68 (EV-D68), ассоциированный со всплесками тяжелых респираторных и неврологических заболеваний у детей по всему миру. В Российской Федерации случаи EV-D68 регистрируются с 2018 г., однако наборов для дифференциальной диагностики EV-D68 от других энтеровирусных инфекций нет.

ЦЕЛЬ

Разработка и внедрение диагностического набора реагентов для определения РНК энтеровирусов с дифференциацией EV-D68 в биологическом материале человека методом ОТ-ПЦР.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Дизайн специфических олигонуклеотидов для амплификации РНК энтеровирусов видов A/B/C/D и EV-D68 проводили с использованием программы Ugene и ресурса NCBI. Для экстракции РНК использовали комплекты РИБО-преп ЭВ и Магно-Сорб-Комбо ЭВ. Проводили ОТ-ПЦР с детекцией результатов амплификации кДНК энтеровирусов A/B/C/D, EV-D68 и внутреннего контрольного образца на каналах HEX, Cy5 и FAM. Аналитическую чувствительность оценивали с использованием рекомбинантного Ms2 бактериофага, содержащего фрагмент РНК EV-D68. Специфичность оценивали при исследовании панели штаммов вирусов и бактерий. Для оценки диагностических характеристик использовали набор АмплиСенс Human enterovirus-FL и метод секвенирования VP1 гена вируса.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Аналитическая чувствительность была оценена на модельных образцах биоматериала человека и составила 1·10³ ГЭ/мл для мазков со слизистой оболочки носо- и ротоглотки и цереброспинальной жидкости и 5·10³ ГЭ/мл для фекалий. Показано отсутствие перекрестных реакций с РНК близкородственных риновирусов, других вирусов и бактерий. Для оценки диагностических характеристик исследовали 175 образцов клинического материала от пациентов с ЭВИ и 135 образцов, не содержащих РНК энтеровирусов. Наблюдалось полное совпадение результатов с результатами, полученными с использованием ПЦР набора другого производителя, результаты выявления EV-D68 подтверждены секвенированием VP1 гена вируса. Диагностические чувствительность и специфичность составили 100% (86,3—100%, p=0,95).

ВЫВОДЫ

По результатам проведенных испытаний подтверждено, что разработанный набор реагентов имеет высокие аналитические и диагностические характеристики, эффективен и безопасен. Набор зарегистрирован в качестве медицинского изделия для диагностики in vitro, получено регистрационное удостоверение Росздравнадзора №РУ 2024/23935 от 7 ноября 2024 г.

Ключевые слова / Keywords:

энтеровирус D68

in vitro диагностика

ОТ-ПЦР набор реагентов

Авторы / Authors:

Лупарев А.Р.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0001-8324-5326

Толоконцева А.А.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0002-8757-081X

Полякова В.А.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0002-2579-0665

Давыдова Е.Е.

ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» ФМБА России

ORCID: 0000-0003-2926-0490

Шипулин Г.А.

ORCID: 0000-0002-3668-6601

Дата поступления:

14.11.2025

Дата принятия в печать:

29.11.2025

Закрыть метаданные

Литература / References:

Lefkowitz EJ, Dempsey DM, Hendrickson RC, Orton RJ, Siddell SG, Smith DB. Virus Taxonomy: The Database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Nucleic Acids Research. 2018;46:D708-D717. https://doi.org/10.1093/nar/gkx932
Nokhova AR, Saroyan TA, Solomatina MV, Gutova TA, Derko AA, Dubovitskiy NA, Murashkina TA, Sharshov KA, Shestopalov AM, Kurskaya OG. Genetic Diversity and Epidemiology of Enteroviruses and Rhinoviruses in Children Hospitalized with Acute Respiratory Infections in Novosibirsk, Russia (2023—2024). Viruses. 2024;16:1924. https://doi.org/10.3390/v16121924
World Health Organization: Poliomyelitis. [Internet] (accessed 5 November, 2025). https://www.who.int
Non-Polio Enterovirus Outbreaks; U.S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC): United States, 2024. [Internet] (accessed 5 November, 2025). www.cdc.gov/non-polio-enterovirus/outbreak-surveillance
Solomon T, Lewthwaite P, Perera D, Cardosa MJ, McMinn P, Ooi MH. Virology, Epidemiology, Pathogenesis, and Control of Enterovirus 71. Lancet Infect Dis. 2010;10:778-790. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(10)70194-8
Schieble JH, Fox VL, Lennette EH. A Probable New Human Picornavirus Associated with Respiratory Diseases. Am J Epidemiol. 1967;85:297-310. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120693
Midgley CM, Jackson MA, Selvarangan R, Turabelidze G, Obringer E, Johnson D, Giles BL, Patel A, Echols F, Oberste MS, et al. Severe Respiratory Illness Associated with Enterovirus D68 — Missouri and Illinois, 2014. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2014;63: 798-799.
Messacar K, Schreiner TL, Van Haren K, Yang M, Glaser CA, Tyler KL, Dominguez SR. Acute Flaccid Myelitis: A Clinical Review of US Cases 2012—2015. Annals of Neurology 2016;80:326-338. https://doi.org/10.1002/ana.24730
Aliabadi N, Messacar K, Pastula DM, Robinson CC, Leshem E, Sejvar JJ, Nix WA, Oberste MS, Feikin DR, Dominguez SR. Enterovirus D68 Infection in Children with Acute Flaccid Myelitis, Colorado, USA, 2014. Emerg Infect Dis. 2016;22:1387-1394. https://doi.org/10.3201/eid2208.151949
Benschop KS, Albert J, Anton A, et al. Re-Emergence of Enterovirus D68 in Europe after Easing the COVID-19 Lockdown, September 2021. Eurosurveillance. 2021;26(45):pii=2100998. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.45.2100998
Zhang T, Ren L, Luo M, Li A, Gong C, Chen M, Yu X, Wu J, Deng Y, Huang F. Enterovirus D68 — Associated Severe Pneumonia, China, 2014. Emerg Infect Dis. 2015;21:916-918. https://doi.org/10.3201/eid2105.150036
Whitehouse ER, Lopez A, English R, Getachew H, Ng TFF, Emery B, Rogers S, Kidd S. Surveillance for Acute Flaccid Myelitis ― United States, 2018—2022. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2024;73:70-76. https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7304a1
Ma KC, Winn A, Moline HL, et al. Increase in Acute Respiratory Illnesses Among Children and Adolescents Associated with Rhinoviruses and Enteroviruses, Including Enterovirus D68 — United States, July—September 2022. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2022;71:1265-1270. https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7140e1
Wolf J. Insights into the Molecular Evolution of Enterovirus D68. Arch Virol. 2023;168:268. https://doi.org/10.1007/s00705-023-05894-4
Tan Y, Hassan F, Schuster JE, et al. Molecular Evolution and Intraclade Recombination of Enterovirus D68 during the 2014 Outbreak in the United States. J Virol. 2016;90:1997-2007. https://doi.org/10.1128/JVI.02418-15
Sun J, Hu X-Y, Yu X-F. Current Understanding of Human Enterovirus D68. Viruses 2019;11:490. https://doi.org/10.3390/v11060490
Elrick MJ, Pekosz A, Duggal P. Enterovirus D68 Molecular and Cellular Biology and Pathogenesis. Journal of Biological Chemistry. 2021;296:100317. https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.100317
National Center for Biotechnology Information (NCBI)[Internet]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team Unipro UGENE. A Unified Bioinformatics Toolkit. Bioinformatics. 2012;28:1166-1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091
Khetsuriani N, Martin R, Nix A, Oberste S, Pallansch A, de Kat Reynen C, Sanders R. Enterovirus Surveillance Guidelines: Guidelines for Enterovirus Surveillance in Support of the Polio Eradication Initiative. Copenhagen: World Health Organization, Regional Office for Europe. 2015. ISBN 978 92 890 5081 4.
MedCalc Software Ltd. Diagnostic Test Evaluation. [Internet]. (Version 23.4; accessed November 9, 2025). https://www.medcalc.org/en/calc/diagnostic_test.php
Numiqo Team. Numiqo: Online Statistics Calculator. Numiqo e.U. Graz, Austria. [Internet] (accessed 5 November, 2025). 2025. https://numiqo.com