Новый тип слияния генов BRAF::EPB41L2 в пилоидной астроцитоме задней черепной ямки. Краткое сообщение

Пилоидная астроцитома — опухоль астроцитарного происхождения с различными пропорциями биполярных волосовидных (пилоидных) клеток и миксоидных полей, волокон Розенталя и эозинофильных гранулярных телец. Пилоидная астроцитома связана с нарушениями МАРК-сигнального пути, наиболее частым из которых является слияние генов BRAF::KIAA [1—3].

Типичными и часто встречающимися видами слияния генов BRAF::KIAA являются слияния между 16-м и 9-м, 15-м и 9-м и 16-м и 11-м экзонами этих генов, однако в эру РНК-секвенирования почти ежедневно мы узнаем о вновь открываемых слияниях генов [4], часть из которых становится основой для таргетной терапии [5, 6].

Приводим собственное наблюдение.

Мальчик 11 лет был оперирован в НМИЦ нейрохирургии им. акад. Н.Н. Бурденко по поводу опухоли IV желудочка с инфильтрацией ствола головного мозга, проведено парциальное удаление новообразования, гистологически диагностирована пилоидная астроцитома. По запросу онколога для оценки возможности назначения таргетной терапии ингибиторами BRAF дополнительно были исследованы мутационный статус гена BRAF (выявлен дикий тип гена, мутации не выявлено) и слияние генов BRAF::KIAA.

Изучение возможных слияний гена BRAF проводилось параллельно методами полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени на приборе QuantStudio 5 Applied Biosystem с анализом результатов, для чего использовали программы QuantStudiotm Desing & Analysis Software v1.4.3/v1.5.1 и флюоресцентную гибридизацию in situ с пробой (ДНК-зондом) BRAF Break Apart FISH («CytoTest») в гибридизационной камере Hybridazer DAKO. Полученные результаты оценены под флюоресцентным микроскопом Zeiss Axio Imager A2 с помощью программы Isis.

ПЦР не обнаружила обычных слияний генов BRAF::KIAA между 16-м и 9-м, 15-м и 9-м и 16-м и 11-м экзонами (рис. 1), в то время как при флюоресцентной гибридизации in situ с пробой BRAF Break Apart FISH («CytoTest») были выявлены добавочные зеленые сигналы (рис. 2). Добавочные зеленые сигналы свидетельствуют о структурной перестройке — слиянии генов BRAF::KIAA (или гена BRAF с другим партнером), которое возникает в результате дупликации гена BRAF на участке 7q34 и последующего слияния его 3’-конца в районе MAPK-активирующего домена с 5’-концевым фрагментом гена KIAA. Образцы классифицируются как положительные для выявления перестроек в гене BRAF, если сигналы тандемного дублирования наблюдаются в 15% опухолевых клеток и более.

Рис. 1. Отсутствие слияний BRAF::KIAA в 16-м и 9-м, 15-м и 9-м и 16-м и 11-м экзонах.

Рис. 2. Добавочный зеленый сигнал BRAF — признак слияния.

Получив подобные результаты исследований, мы решили проверить наличие возможного слияния методом таргетного панельного высокопроизводительного секвенирования на специально разработанной и созданной для нашей лаборатории панели генов для выявления мутаций генов (ACVR1, AKT1, APC, ATRX, BCOR, BCORL1, BRAF, CDK6, SUFU, TERT, TP53, CDKN2A, CDKN2B, CIC, CTNNB1, DDX3X, EGFR, FGFR2, FGFR3, FUBP1, GNAQ, H3F3A, HIST1H3B, HIST1H3C, IDH1, IDH2, KDM6A, KLF4, KRAS, MLH1, MSH2, MSH6, MYB, MYBL1, MYC, MYCN, NF1, NF2, NOTCH1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, PTCH1, PTCH2, PTEN, PTPN11, RAF1, RB1, SETD2, SMARCA4, SMARCB1, SMO, TERT, TP53, VHL); EGFRv3 (делеции со 2-го по 7-й экзон) и вставка BCOR (internal tandem duplication)) и на следующей панели для выявления слияний генов (KIAA1549::BRAF, AFAP1::NTRK2, AGBL4::NTRK2, ATG7::RAF1, BCAN::NTRK1, BTBD1::NTRK3, c11orf95::RELA, C8orf34::MYBL1, CLIP2::MET, ETV6::NTRK3, EWSR1::PATZ, FGFR1::TACC1, FGFR3::TACC3, FYCO1::RAF1, JPX::FOXR2, LOC550643::FOXR2, MN1::BEND2, MN1::CXXC5, MYB::ESR1, MYBL1::MMP16, MYB::PCDHGA1, MYB::QKl, NAB2::STAT6, NACC2::NTRK2,NAV1::NTRK2,NFASC::NTRK1, PTPRZ1::MET, QKI::NTRK2, QKI::RAF1, SRGAP3::RAF1, TFG::MET, TPM3::NTRK1, VCL::NTRK2, YAP1::MAMLD1, FAM 131B::BRAF).

Анализ результатов проведен с помощью программы Clc Genomics workbench Qiagen.

В результате выполненного панельного секвенирования удалось впервые выявить редкий тип слияния генов BRAF::EPB41L2 в пилоидной астроцитоме задней черепной ямки, и хотя ген EPB41L2 отсутствует в нашей панели, программа сама смогла выявить партнера слияния (рис. 3). Проанализировав данные литературы, мы смогли найти лишь единичную ссылку на данное слияние BRAF::EPB41L2, установленное в веретеноклеточной саркоме мягких тканей головы [7].

Рис. 3. Слияние генов BRAF::EPB41L2.

Выявление слияний гена BRAF является показанием к назначению таргетной терапии и, по всей вероятности, должно применяться более широко в рутинной практике. При этом нельзя останавливаться только на использовании ПЦР (при отсутствии конкретных типичных слияний), а применять также методы FISH- и/или РНК-секвенирования — NGS.

Авторы сердечно благодарят Благотворительные фонды Константина Хабенского и «Подари Жизнь» за помощь в финансировании исследований по РНК-секвенированию и FISH-анализу опухолей ЦНС.

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.