Кафедра патологической анатомии приняла первых студентов, переведенных на III курс вновь открывшегося Новосибирского государственного медицинского института (НГМИ), 1 сентября 1935 г. Первым заведующим кафедрой патологической анатомии стал профессор Виталий Михайлович Константинов (1897—1967). В 1921 г. В.М. Константинов окончил медицинский факультет Томского университета. С 1921 по 1931 г. состоял научным сотрудником и ассистентом кафедры патологической анатомии медицинского факультета Томского университета. С организацией в Томске Института усовершенствования врачей в период с 1928 по 1930 г. исполнял обязанности ассистента, в 1930—1931 гг. являлся приват-доцентом, исполняющим обязанности заведующего кафедрой патологической анатомии. В 1931 г. избран заведующим кафедрой патологической анатомии Новосибирского института усовершенствования врачей, в 1935 г. — заведующим кафедрой патологической анатомии Новосибирского медицинского института. В 1936 г. в Ленинградском филиале Всесоюзного института экспериментальной медицины под руководством профессора Н.Н. Аничкова защитил докторскую диссертацию «Об особенностях распределения в организме витально красящих веществ и взвесей при различных экспериментальных воздействиях». В этот период на кафедре патологической анатомии НГМИ работали Е.Б. Оречкина, М.Ф. Карпова, Ю.В. Гулькевич (в дальнейшем — член-корреспондент АМН СССР, заведующий кафедрой патологической анатомии Минского государственного медицинского института), Л.И. Сурикова. Значительная часть научных трудов В.М. Константинова и его учеников была посвящена изменениям ретикулоэндотелиальной системы при воспалении, воздействии аллергических факторов, ишемии. В годы Великой Отечественной войны научные исследования были направлены на изучение патоморфологии боевой травмы и ее последствий, особенностей развития ряда заболеваний в условиях военного времени. В послевоенное время на кафедру патологической анатомии пришли новые молодые сотрудники — А.А. Головина, А.В. Струсевич, Н.В. Каньшина (в дальнейшем — профессор, заведующая кафедрой патологической анатомии Новокузнецкого ГИДУВ), Л.П. Шахматова, И.А. Аличкина, А.М. Шабанов, Г.Г. Часовских (в последующем — профессор, заместитель директора по научной работе НИИ патологии кровообращения им. Е.Н. Мешалкина), В.И. Казанин, А.В. Рысенко, Д.К. Тарадайко. В этот период В.М. Константинов и его ученики были заняты изучением патоморфологии эхинококкоза, сартланской болезни. Профессор В.М. Константинов — автор 69 научных трудов, в том числе двух монографий. Под его руководством было защищено 18 докторских и кандидатских диссертаций. В.М. Константинов создал в Новосибирске научное общество врачей-патологоанатомов и был его бессменным председателем. Он принимал участие в работе правления Всесоюзного научного общества патологоанатомов, был членом редакционного совета журнала «Архив патологии». За трудовые заслуги В.М. Константинов награжден орденами Ленина, Трудового Красного Знамени.
После смерти В.М. Константинова в 1967 г. исполняющим обязанности заведующего кафедрой патологической анатомии стал доцент Анатолий Владимирович Струсевич (1911—1986).
В 1968 г. на должность заведующего кафедрой патологической анатомии НГМИ был избран профессор Михаил Алексеевич Самотейкин (1926—1987). М.А. Самотейкин окончил в 1951 г. Саратовский медицинский институт. В 1954 г. защитил кандидатскую диссертацию. С 1954 г. М.А. Самотейкин работал на кафедре патологической анатомии Благовещенского медицинского института, а в 1956 г. его избирают заведующим этой кафедрой. В 1966 г. он защитил докторскую диссертацию на тему «Бронхоспазматический ателектаз легких и его роль в развитии пневмонии у детей раннего возраста». С 1968 г. вся дальнейшая деятельность профессора М.А. Самотейкина неразрывно связана с НГМИ: в 1968 г. — декан лечебного факультета, с 1971 по 1978 г. — проректор по учебной работе. Под руководством М.А. Самотейкина на кафедре патологической анатомии НГМИ интенсивно изучали патологию микроциркуляции в сердце, почках и головном мозге в возрастном аспекте и при различных заболеваниях. М.А. Самотейкин — автор 160 научных работ, под его руководством выполнено более 20 кандидатских и 6 докторских диссертаций. М.А. Самотейкин был бессменным председателем Новосибирского научного общества врачей-патологоанатомов, членом правления Всесоюзного научного общества патологоанатомов, членом редакционного совета журнала «Архив патологии». Трудовые заслуги М.А. Самотейкина отмечены медалями, значком «Отличнику здравоохранения». В этот период на кафедре патологической анатомии работали О.В. Баланчук, В.А. Жукова (ныне — доцент, заслуженный врач РФ), В.А. Головнев, Л.М. Непомнящих (в последующем — заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАН, директор НИИ региональной патологии и патоморфологии СО РАМН), В.И. Иркин, Г.Ф. Демиденко, В.А. Травин и другие.
В связи с тяжелой болезнью профессора М.А. Самотейкина в 1983 г. исполняющей обязанности заведующей кафедрой патологической анатомии была назначена доцент Александра Александровна Головина.
В 1984 г. на должность заведующего кафедрой патологической анатомии был избран доцент Анатолий Викторович Рысенко (1940—1994). А.В. Рысенко после аспирантуры в 1968 г. защитил кандидатскую диссертацию «Репаративная регенерация скелетных мышц крыс в условиях тканевой стимуляции». Научные интересы доцента А.В. Рысенко были посвящены исследованию патоморфологии заживления ран.
В 1989 г. кафедру патологической анатомии возглавил профессор Вячеслав Алексеевич Шкурупий. После окончания НГМИ В.А. Шкурупий начал свою научную деятельность в Центральной научно-исследовательской лаборатории при НГМИ в группе электронной микроскопии. В 1974 г. он защитил кандидатскую диссертацию, в 1987 г. — докторскую диссертацию «Структурная организация нормальной и поврежденной печени при стрессе и введении лизосомотропных препаратов». В 1997 г. избран членом-корреспондентом РАМН, с 2005 г. — академик РАМН. В 1979—1989 гг. В.А. Шкурупий являлся заведующим ЦНИЛ; 1988—1999 гг. — проректором по научной работе НГМИ. С 2001 г. и по настоящее время — директор Научного центра клинической и экспериментальной медицины СО РАМН (ныне — НИИ экспериментальной и клинической медицины). Заслуженный деятель науки РФ, профессор кафедры патологической анатомии В.А. Шкурупий является автором более 800 научных работ, 15 монографий, 38 патентов на изобретение, под его руководством защищено 50 кандидатских, 19 докторских диссертаций. В.А. Шкурупий привлек на кафедру патологической анатомии молодых сотрудников: Т.Г. Чернову, Т.А. Агееву, Е.С. Лукьянову, П.Н. Филимонова, А.П. Надеева, О.В. Потапову, М.А. Козяева, Е.В. Никитенко, М.А. Травина, М.А. Карпова и др. Основное научное направление кафедры посвящено изучению реакции системы мононуклеарных фагоцитов при различных заболеваниях (туберкулез, кандидоз, силикоз, стресс, новообразования, внутриутробная патология). За период с 2010 по 2015 г. сотрудниками кафедры опубликованы 223 научные работы, из них в центральной и иностранной печати 137 научных статей, 3 монографии. Кафедра патологической анатомии поддерживает широкие творческие связи с институтами СО РАН.
В 2015 г. профессор Александр Петрович Надеев был избран на должность заведующего кафедрой патологической анатомии. А.П. Надеев является Главным штатным специалистом Министерства здравоохранения Новосибирской области, автором более 300 научных печатных работ, 2 монографий.
С 1998 г. на кафедре получают последипломное образование (клиническая ординатура и интернатура), проходят циклы повышения квалификации врачей-патологоанатомов: повышение квалификации прошло более 300 врачей-патологоанатомов Новосибирской области, Сибирского Федерального округа, а также Казахстана.
Кафедра патологической анатомии тесно связана с практической патологической анатомией: все сотрудники имеют богатый опыт работы практическими врачами-патологоанатомами, привнесли большой вклад в совершенствование организации патологоанатомической службы, возглавляют патологоанатомические отделения крупнейших лечебно-профилактических учреждений Новосибирска, в разные годы являлись главными специалистами Управления здравоохранения города и области. На кафедре проходят заседания Новосибирского отделения Российского общества патологоанатомов под председательством академика РАН, профессора В.А. Шкурупия, посвященные актуальным вопросам организации патологоанатомической службы, общей и частной патологической анатомии.