Сайт издательства «Медиа Сфера»
содержит материалы, предназначенные исключительно для работников здравоохранения. Закрывая это сообщение, Вы подтверждаете, что являетесь дипломированным медицинским работником или студентом медицинского образовательного учреждения.

Басова А.А.

Кафедра стоматологии ИПО ФГБОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России, Москва, Россия

Применение методов метагеномного секвенирования для оценки состояния микробиоценоза при хроническом генерализованном пародонтите

Авторы:

Басова А.А.

Подробнее об авторах

Журнал: Стоматология. 2016;95(3): 65‑65

Просмотров: 351

Загрузок: 4

Как цитировать:

Басова А.А. Применение методов метагеномного секвенирования для оценки состояния микробиоценоза при хроническом генерализованном пародонтите. Стоматология. 2016;95(3):65‑65.
Basova АА. . Stomatology. 2016;95(3):65‑65. (In Russ.)

Актуальность. В развитие пародонтита, несомненно, вносят вклад наследственный фактор и влияние окружающей среды, но именно влияние микрофлоры пародонта рассматривается большинством исследователей в качестве основного фактора, непосредственно определяющего начало заболевания. Вопрос о различиях в составе микробиома пациентов со здоровым пародонтом и хроническим пародонтитом остается до конца не решенным и не теряет актуальности. Изучение состава микробиома пародонта в сочетании с необходимостью учета временной динамики развития болезней пародонта позволит не только установить прогностические критерии течения и исхода пародонтита, но и разработать новые, более эффективные схемы лечения.

Цель исследования — провести сравнительное изучение состава микробиома пациентов с хроническим пародонтитом и здоровых лиц методом NGS-секвенирования.

Материал и методы. Исследование проводилось на кафедре стоматологии ИПО ГБОУ ВПО «Первый МГМУ им. И.М. Сеченова». В нем принимали участие 10 пациентов с хроническим генерализованным пародонтитом (ХГП) средней и тяжелой степеней тяжести в возрасте от 35 до 60 лет. В группу контроля были включены лица без признаков поражения тканей пародонта — 10 человек.

Диагноз ХГП устанавливали по степени деструкции тканей пародонтального комплекса: глубине пародонтальных карманов, подвижности зубов, данным рентгенологического исследования.

Отбор образцов осуществлялся путем введения штифта в пародонтальный карман (ПК) или в десневые бороздки вокруг зуба (в случае здорового пациента) на глубину 2—5 мм. Далее штифт помещали в реактив для хранения образцов из набора Проба-Рапид. Суммарную ДНК материала из ПК пациентов выделяли с помощью набора реагентов Проба-ГС (Россия). С применением метода NGS-секвенирования банков суммарной ДНК отделяемого ПК с праймерами на область V6 16S рДНК анализировали представленность видов и родов бактерий в микрофлоре пародонта пациентов с пародонтитом и лиц со здоровым пародонтом. Обработку данных глубокого секвенирования проводили согласно протоколу исследования.

Для секвенирования 16s-РНК ампликона гена мы выбрали в качестве мишени гипервариабельный участок V6, соотносящийся с позициями 984—1047 (Escherichia coli), успешно отвечающий за распознавание различных филотипов. С помощью базы данных Silva был проведен анализ с применением компьютерного моделирования эксперимента, который показал, что более 97% меток V6 можно однозначно поместить на родовой уровень.

Для каждой группы пациентов было подсчитано арифметическое значение получившихся данных (% каждой операционной таксономической единицы (ОТЕ) в пробе). Затем для каждой ОТЕ рассчитывалось значение Т с учетом его релевантности для различения когорт. Значение Т более 3 означало статистически значимое преобладание ОТЕ в когорте 1 (здоровые лица). Значение Т 2—3 означало, что ОТЕ, скорее, ассоциируется со здоровым фенотипом. Значение Т менее –3 означает статистически значимую связь ОТЕ с хроническим пародонтитом. Если же значение Т варьируется между –2 и –3, то это значит, что ОТЕ преобладает у пациентов с хроническим пародонтитом. Значение Т между –2 и 2 означает, что появление ОТЕ никак не связано с воспалением пародонта.

Результаты. Сравнение количественного состава бактерий различных видов в микробиоценозе пародонта у групп пациентов с наличием и отсутствием ХГП выявило следующие закономерности: у пациентов с диагнозом ХГП наблюдается повышенное содержание в составе поддесневой микрофлоры 3 пародонтопатогенов «красного комплекса»: P. gingivalis (p=0,0001), T. forsythensis (p=0,0002) и T. denticola (p=0,0012). В среднем различия в степени обсемененности этими бактериями для групп здоровых и больных ХГП составляют: для P. gingivalis — 6,7 цикла (104 раза), для T. forsythensis — 4,3 цикла (17 раз), для T. denticola — 2,3 цикла (4,9 раза). Встречаемость A. аctinomycetemcomitans и P. intermedia, также считающихся наиболее патогенными в отношении тканей пародонта микроорганизмами, была схожей у пациентов с ХГП и в контрольной группе (p=0,09 и 0,56 соответственно). Установлено, что относительно много ОТЕ (8) четко связаны с хроническим пародонтитом. К ним относятся Porphyromonas, Treponema, Synergistaceae, Tannerella, Filifactor, Ruminococcaceae, Parvimonas и Mycoplasma. Интересно, что Treponema, Synergistaceae и Filifactor сильнее всего ассоциируются с ХГП, в то время как известные пародонтопатогены, такие как Porphyromonas и Tannerella, коррелируют с ХГП лишь частично.

Анализ показал, что род Veillonella — единственная ОТЕ, четко связанная с высокой степенью сохранности пародонта. Более того, это одна из самых многочисленных бактериальных групп (занимает третье место после Fusobacterium и Prevotella у здоровых лиц). Согласно нашим данным, у пациентов с хроническим пародонтитом количество этих бактерий в 4—5 раз меньше, чем у лиц без заболевания пародонта, что однозначно представляет собой отрицательный клинический признак.

Вывод. Предполагаемыми отрицательными маркерами следует считать высокое преобладание представителей Synergistaceae, Filifactor, Ruminococcaceae, Mycoplasma и Parvimonas, а не Aggregatibacteractinomicetecomitans, Porphyromonasgingivalis, Prevotellaintermedia, Treponemadenticola и Tannerellaforsythia. Количественное содержание микроорганизмов рода Veillonella может быть использовано в качестве маркерного признака перехода от нормального состояния пародонта к воспалению.

Подтверждение e-mail

На test@yandex.ru отправлено письмо со ссылкой для подтверждения e-mail. Перейдите по ссылке из письма, чтобы завершить регистрацию на сайте.

Подтверждение e-mail

Мы используем файлы cооkies для улучшения работы сайта. Оставаясь на нашем сайте, вы соглашаетесь с условиями использования файлов cооkies. Чтобы ознакомиться с нашими Положениями о конфиденциальности и об использовании файлов cookie, нажмите здесь.