Основные объективные требования к методам лабораторной диагностики инфекций это высокая аналитическая чувствительность, высокая аналитическая специфичность и универсальность метода в отношении разных возбудителей. Благодаря универсальности метода, на сегодняшний день существует возможность полной автоматизации всех этапов анализа, с минимальных воздействием человеческого фактора. Наша ПЦР-лаборатория была организована в июле 2014 г. на базе бактериологической лаборатории Центра и с момента организации была полностью автоматизирована и укомплектована. В штат входит один врач ПЦР и один лаборант. Лаборатория в среднем за месяц выполняет около 600 заявок и 2500 исследований. Учитывая особенности стационара, а ФНКЦ им. Дм. Рогачева занимается лечением онкогематологических болезней, злокачественных новообразований и заболеваний иммунной системы. Основной направленностью лаборатории является выявление оппортунистических инфекций из группы герпес вирусов, особенно цитомегаловирусной и Эпштейн—Барр вирусной инфекции, парвовирусной инфекции, парентеральных инфекций (гепатиты и ВИЧ). Лаборатория производит диагностику по 38 видам патогенов, включая такие распространенные инфекции как гепатиты, ОРВИ, туберкулез, ОКИ, и редкие виды возбудителей: все грибковые, бактериальные (легионелла, микоплазмы, хламидии, иерсинии, листерии) и паразитарные (токсоплазмоз), а также полиомавирусы (ВК и JCV). Внедрение автоматических решений для обработки данных, сортировки поступающих образцов и самого процесса пробоподготовки, позволяет значительно повысить производительность лаборатории и практически полностью исключить влияние человеческого фактора. В состав аппаратного комплекса входит: автоматическая станция для выделения НК Xiril, автоматическая станция для раскапывания ПЦР-смесей QIAgility Qiagen, и амплификаторы 6-канальные Rotor-gene Q, а также программа автоматического анализа и оценки результатов ПЦР-реакции FRT-manager. В своей работе мы используем отечественные наборы реагентов для выделения НК «Магно-сорб» и наборы для амплификации «Амплисенс» производства ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора». В лаборатории внедрена система цикличности и поточности: образцы, которые приходят с направлениями из МИСа, регистрируются в ЛИСе, считывая штрих-код. Далее пробы сортируются в соответствии с назначенными анализами ( согласно соответствующим методикам амплификации), таким образом (особенно обращая внимания на наборы с единым ВКО), чтобы максимально оптимизировать последующую работу и сэкономить время. Перед работой все биологические пробы проходят предобработку согласно методическим указаниям (МУ 1.3.2569-09), так как мы работаем со всеми видами биологического материала: кровь, плазма, костный мозг, мазки, смывы. БАЛ, ликвор, фекалии, биоптаты. После обработки пробы переносятся в пробирки типа Эппендорф в объеме не менее 0,5—1 мл и кодируются согласно рабочим спискам. Далее пробирки загружаются в полуавтомат для выделения НК XIRIL. Средняя продолжительность выделения НК из 96 образцов составляет 3—3,5 ч и осуществляется высокоэффективным методом сорбции на магнитном носителе, что позволяет детектировать инфекции в низких титрах. После выделения штатив с выделенной ДНК поступает в дозатор жидкостей QIAgility. В дозаторе происходит раскапывание амплификационный смесей, согласно протоколу инструкции, а затем готовый ротор с пробирками загружается в амплификатор Rotor-gene Q. Результаты анализируются с помощью программы FRT-manager и выдаются с использованием ЛИС. Часть методик, которая отсутствует в программы FRT-manager , анализируется врачом вручную. Впоследствии, когда будет налажена связь ЛИСа и МИСа (медицинской лабораторной системы), подтвержденные результаты будут сразу доступны врачу, что позволит уйти от бумажных носителей. Следует отметить, что ПЦР-диагностика инфекций связана с проблемой, обусловленной высокой чувствительностью метода, — возможностью контаминации. За время работы лаборатории с использованием автоматов не было замечено ни одного случая контаминации, особенного перекрестного (от пробы к пробе). Лаборатория успешно проходит проверку в системе ФСВОК по качественному определению вируса гепатита С и ВИЧ, и определению вирусной нагрузки для гепатита В. К замечаниям, следует отнести тот факт, что фирма «Амплисенс» еще не готова к переводу своих наборов для автоматической лаборатории. Наличие множества ВКО создает определенные трудности для выделения. Особенно это касается качественных и количественных гепатитов. А также множество программ амплификации, особенно для «редких» методик, не позволяют полноценно использовать амплификаторы с полной нагрузкой.
