Быстрая и точная идентификация инфекционного агента является критически важным этапом эпидемиологического контроля. Большая часть существующих на сегодняшний день молекулярно-генетических методов выявления возбудителей инфекции (например: PCR, NASBA, LAMP) основана на специфической амплификации нуклеиновых кислот. В то же время существуют патогены, нуклеотидные последовательности геномов которых сейчас неизвестны. По некоторым оценкам только в 9 вирусных таксонах (коронавирусы, парамиксовирусы, хантавирусы, астровирусы, вирусы гриппа А, бокавирусы, аденовирусы, герпесвирусы, полиомавирусы) существует не менее 320 000 не описанных пока представителей. Сравнительно недавно появившиеся технологии высокопроизводительного секвенирования нового поколения позволяют обнаруживать нуклеиновую кислоту неизвестных инфекционных агентов в массиве всех присутствующих в образце нуклеиновых кислот. Несмотря на очевидные преимущества подобный подход имеет существенное ограничение — как правило, в биологическом материале превалирует генетический материал организма хозяина. В результате большая часть массива информации, полученной в результате секвенирования, не информативна для выявления патогенных микроорганизмов. Одним из методов решения проблемы является повышение доли нуклеиновых кислот патогена в биологическом материале. Этого можно достичь несколькими путями: физическими методами (ультрафильтрация, центрифугирование), биологическими методами (обработка ферментами), специфической деплецией нуклеиновых кислот «хозяина», специфическим обогащением нуклеиновых кислот патогена. Мы разработали метод обогащения представителей рода Flavivirus путем гибридизации подготовленных для секвенирования библиотек с набором из нескольких вырожденных родоспецифичных биотинилированных олигонуклеотидов. Работоспособность системы была продемонстрирована на примере двух разных представителей рода Flavivirus [вирус желтой лихорадки (ВЖЛ), вирус японского энцефалита (ВЯЭ)] Сравнение нуклеотидных последовательностей геномов этих вирусов при помощи алгоритма blastn (на примере KF907504 и KF297915) показывает 66% идентичных нуклеотидов при покрытии 28% геномной последовательности. В образцах, которые не гибридизовали, доля прочтений, картирующихся на геном ВЖЛ и ВЯЭ, составила 0,00% (1/66773) и 0,01% (4/69969) соответственно. В образцах, которые гибридизовали с биотинилированными олигонуклеотидами, доля прочтений, картирующихся на геном ВЖЛ и ВЯЭ, составила 1,46% (456/31256) и 3,06% (2499/81749) соответственно. Гибридизационые олигонуклеотиды имеют более широкую специфичность, чем олигонуклеотиды-праймеры в ПЦР. В данном эксперименте гибридизационные олигонуклеотиды перекрывали все возможные у флавивирусов нуклеотидные последовательности. Таким образом, разработанный метод позволит значительно увеличить представленность нуклеиновых кислот патогена в случае присутствия в биологическом материале не только известного, но и неизвестного представителя рода Flavivirus, что приведет к существенному повышению эффективности использования высокопроизводительного секвенирования в диагностике.