В марте 2018 года он узнал, что у него рак желудка третьей стадии с позитивными перитонеальными смывами, а осенью 2018 года перенес гастрэктомию. Вместе с коллегами Андрей создал проект CancerFund.ru, который состоит из двух фондов, работающих совместно: Благотворительный фонд «Голос за жизнь», который решает срочные задачи и оперативно реагирует на возникающие нужды проекта Cancer Fund; Фонд целевого капитала Андрея Павленко (эндаумент-фонд) – накапливающий фонд, который необходим для обеспечения долгосрочной финансовой стабильности и поддержки благотворительных программ Cancer Fund. Миссией проекта является сохранение и улучшение жизни человека, заболевшего раком в России, а также поддержка и развитие онкологической помощи в России.