Сравнение эффективности экстракции ДНК МБТ при использовании автоматизированных платформ и мануальных методик

Автоматизация процесса экстракции нуклеиновых кислот в лабораторной медицине позволяет уменьшить трудозатраты, увеличить пропускную способность лаборатории, а также ускорить процесс получения результата анализа. В этой ситуации перспективным является использование автоматизированных систем экстракции, которые позволяют стандартизировать процесс и минимизировать число ошибок, связанных с ручными манипуляциями. Цель — сравнить эффективность экстракции ДНК из мокроты при использовании различных автоматизированных платформ и мануальных методик. Материал и методы. Для сравнения использовались 12 образцов нативной мокроты и 28 осадков мокрот после обработки NaLC-NaOH. Все образцы до начала экстракции были инактивированы дезинфицирующим раствором собственного производства. Каждый образец тестировался в трех повторах. Мануальная экстракция нуклеиновых кислот была проведена с помощью набора реагентов Рибо-преп (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора) согласно инструкции производителя. Автоматическая экстракция выполнена на станциях Xiril Neon 100 («Xiril») и MICROLAB STARlet IVD («Hamilton») с использованием набора реагентов Магно-сорб (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора), а также на станции MagPurix 12s с использованием набора реагентов TB DNA Extraction Kit («Zinexts Life Science Corp.»). Для контроля качества экстракции в образцы был добавлен экзогенный внутренний контрольный образец (ВКО). Полуколичественная оценка полученной ДНК была выполнена с помощью набора реагентов АмплиСенс MTC-FL (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора). Для каждого образца были посчитаны среднее Ct (Ctср), доверительный интервал (ДИ, 95%) и коэффициент вариации (CV,%). Для сравнения качества экстракции была подсчитана эффективность экстракции относительно референсной методики (экстракция НР «Рибо-преп») по следующей формуле: Ct (экстракция на автоматической станции) ÷ Ct (экстракция «Рибо-преп») × 100%. Результаты. CV для образцов при экстракции набором реагентов «Рибо-преп» составил 1,46% (ДИ 95%; 0,27—3,80%) для нативных мокрот и 1,36% (ДИ 95%; 0,06—4,57%) для осадков мокрот; на станции Xiril Neon 100 2,15% (ДИ 95%; 0,24—6,07%) для нативных мокрот и 0,97% (ДИ 95%; 0,41—1,65%) для осадков мокрот; на станции MICROLAB STARlet IVD 0,82% (0,26—1,90%) для нативных мокрот и 0,60% (0,26—1,07%) для осадков мокрот; для станции MagPurix 12s 0,75% (0,15—1,39%) для нативных мокрот и 0,71% (0,36—1,15%) для осадков мокрот соответственно. Эффективность экстракции, при выделении нуклеиновых кислот на станции Xiril Neon 100, составила 105,20% (100,85—109,48%) для нативных мокрот и 97,62% (95,57—100,41%) для осадков мокрот; на станции MICROLAB STARlet IVD 105,73% (102,60—110,73%) для нативных мокрот и 98,97% (96,69—101,95%) для осадков мокрот; для станции MagPurix 12s 104,21% (100,58—110,14%) для нативных мокрот и 110,10% (106,83—114,51%) для осадков мокрот, соответственно. Вывод. В настоящей работе было проведено сравнение протоколов экстракции ДНК микобактерий туберкулеза с помощью различных автоматизированных платформ в сравнении с мануальным способом экстракции ДНК из образцов мокрот. Значения CV и эффективности экстракции ДНК показывают возможность использования автоматизированных решений в рутинной лабораторной практике для автоматизации процесса экстракции нуклеиновых кислот.